Судьба не раз преподносила Дмитрию Дьяконову сюрпризы, но не все они были приятные. В 2002 году артист принимал участие в мюзикле «Норд-Ост» и чудом остался жив. В день премьеры состоялось два события: первое радостное – у него родился сын, и второе – зрители вместе с артистами стали заложниками. О тех событиях Дмитрий не любил вспоминать.
Он прожил очень короткую, но яркую жизнь, и ушел на пике своей популярности.
Дмитрий Дьяконов в фильме «УГРО. Простые парни», 2007 год (kino-teatr.ru)Дмитрий Дьяконов в фильме «УГРО. Простые парни», 2007 год (kino-teatr.ru)
Дима родился в провинциальном городке Чаплыгине Липецкой области тридцатого августа семьдесят девятого года. О детских годах артист всегда вспоминал с улыбкой:
— Когда я шел в детский сад, часто слышал, как где-то пели бабушки. Мне это понравилось. Я сам их нашел, и попросил принять в хор. Надо мной все смеялись, представьте, что вот такой маленький мальчик пел вместе с бабушками. А мне нравилось, я был солистом, стоял впереди и пел: «Ах ты ноченька, ночь осенняя, ночка темная…». Бабульки подхватывали: «А-ааа…».Дмитрий Дьяконов (img0.liveinternet.ru)
Дмитрий Дьяконов (img0.liveinternet.ru)
Дмитрий всегда отличался бойцовским характером, лихо «скалачивал» свою творческую биографию, и стремительно шел к своей цели. В тринадцать лет его отчислили из академии хорового искусства им. Свешникова (Москва), тоска «запилила» на уроках сольфеджио. В четырнадцать — дрался за «правое дело» в Тверском суворовском училище. В пятнадцать, от всей хулиганской души горланил так, что в авиационном техникуме города Лобне включали сигнал тревоги. А мальчик просто распевался…
Дмитрий мечтал стать профессиональным певцом, и друзья посоветовали обратиться к преподавателю Гнесинского училища. Встреча была назначена, но юношу два раза ждала неудача, он никак не мог найти Маргариту Иосифовну. И все же они встретились возле учебного заведения, и женщина отдала ему внушительных размеров папку с нотами. Для Дмитрия это стало судьбоносным знамением.
Ещё учась в РАТИ, Дьяконов сыграл телохранителя в детективе «На углу у Патриарших-2» и дембеля в мелодраме «Три сестрички». Уже через два года поступило предложение сразу от нескольких режиссеров, карьера молодого артиста стремительно шла вверх.
Дмитрий Дьяконов в фильме «Братаны» (http://i027.radikal.ru)Дмитрий Дьяконов в фильме «Братаны» (http://i027.radikal.ru)
В 2005 году ему предложили сняться в авантюрном детективе «Адъютант любви», потом была интересная роль в боевике «Офицеры». Талантливого молодого артиста начали регулярно приглашать в различные сериалы, можно сказать, Дмитрий был просто нарасхват.
В криминальной картине «УГРО. Простые парни-1» артист сыграл главного героя лейтенанта Сухова, позже принимал участие в съемках исторической драмы «Адмиралъ».
Настоящую популярность и зрительскую симпатию Дмитрий ощутил после премьеры остросюжетного боевика «Братаны».
Дмитрий Дьяконов в фильме «Реальные кабаны» (http://s019.radikal.ru)Дмитрий Дьяконов в фильме «Реальные кабаны» (http://s019.radikal.ru)
Ему доверили роль одного из четырех друзей-десантников – Константина Лобачева. Несмотря на то, что у артиста была ведущая роль в театре, он согласился ездить на съемки сериала за двести километров от Москвы. Параллельно Дмитрий снимался в детективе «Северный ветер». Он только один раз отказался от главной роли: ему предложили играть человека, который, мягко говоря, обижал своих родителей.
К сожалению, Дмитрий так и не увидел премьеру комедии «Реальные кабаны», в которой он играл главную роль механика Антона. Она состоялась через полтора года после смерти артиста.
Дмитрий обладал прекрасными вокальными данными, в своём дипломном музыкальном спектакле «Бременские музыканты» играл Трубадура. За весь период учебы в ГИТИСе сыграл в таких постановках, как: «Гамлет», «Рыжики», «Человек из Ламанчи».
Узнав, что в мюзикл «Красавица и чудовище» набирают актеров, Дьяконов показал свои способности худсовету, и поставил их перед фактом: «Роль Гастона буду играть я!». Премьера спектакля состоялась в 2008 году. На сцену Дворца Молодежи артист выходил каждый вечер, а в выходные приходилось выступать по два раза в день.
Дмитрий Дьяконов в мюзикле «Красавица и чудовище» (справа) («История в деталях»)Дмитрий Дьяконов в мюзикле «Красавица и чудовище» (справа) («История в деталях»)
Дмитрий не мыслил свою жизнь без театра и кино, полностью отдавался работе, и не обращал внимание на колоссальные нагрузки. Играл в мюзиклах: «12 стульев», «Норд-Ост», ««Cats», ««Mamma Mia!» и др.
Последний раз Дьяконов вышел на сцену театра двадцать пятого февраля 2009 года и сыграл любимую роль Гастона в мюзикле «Красавица и чудовище». На следующий день Дмитрию стало плохо, он умер от сердечной недостаточности.
О своей личной жизни артист не распространялся, был женат, в 2002-м году родился сын Михаил. Молодые родители не смогли найти общий язык и расстались.
Дмитрий Дьяконов с сыном Михаилом («История в деталях»)Дмитрий Дьяконов с сыном Михаилом («История в деталях»)
Дмитрий обожал сынишку, и старался всё свободное время проводить с ним. Мальчик с нетерпением ждал этих встреч, ведь с папой можно было не ложиться рано спать, смотреть мультики и есть любимое мороженое.
Дмитрий Дьяконов (www.obovsyom.ru)Дмитрий Дьяконов (www.obovsyom.ru)
Дмитрий рано ушел из жизни, ему было всего двадцать девять лет. Артиста похоронили на его малой родине в Чаплыгине.
Нам трудно понять, почему Господь забирает молодых людей, которые недолюбили, не доиграли, не дожили…
Понравилась статья? Поддержи автора, нажми палец вверх и, что бы не пропустить следующую, подпишись на канал или на страницу в своей социальной сети: Facebook, Вконтакте, Twitter, Одноклассники. Мы будем встречаться чаще 🙂
Незадолго до смерти Дмитрий Дьяконов колебался — давать интервью про трагические события, связанные с мюзиклом «Норд-Ост», или нет. Ведь очевидцем тех событий был сам актер, находящийся среди заложников. А в день премьеры спектакля у Дмитрия родился сын — чудо-малыш Миша. Волей Божией в двадцать девять лет остановилось сердце молодого человека — талантливого актера, отца и доброго человека.
Перед набором актеров на роли в мюзикле «Красавица и чудовище» актер Дмитрий Дьяконов поставил жюри перед фактом — роль Гастона и точка. Оглушенные баритоном самоуверенного молодого человека, продюсеры протянули контракт, отлично понимая, сколько следует приложить труда для этой роли.
Премьера российской постановки мюзикла состоялась в 2008 году. Начиная с этого времени основанный на диснеевской истории спектакль «Красавица и чудовище» шесть рабочих дней ставился на подмостках Московского Дворца Молодежи. Труд был адский, в выходные приходилось выступаать дважды с перерывом в сорок минут, а в буфете вместо вкусных маминых пирожков приходилось есть нечто невразумительное с майонезом.
Каждый раз шлифуя вокальные данные и актерское мастерство, Дмитрий Дьяконов упорно шел к цели. В детстве он хотел стать музыкантом и военным, потому получил обе специальности, а потом, став актером, Дмитрий стремился играть в кино и театре. Смерть отняла не только хорошего отца, мужа, сына и друга, еще и тех потенциальных персонажей, которых он мог бы реализовать на экране и в театре.
Родился Дмитрий Дьяконов 26 февраля 1979 года в Липецкой области. Уже с детских лет он проявил самостоятельность, записавшись в хор бабушек. Хоровое пение до того понравилось мальчику, что несмотря на насмешки и недоумение окружающих, Дима ходил на спевки. Он стоял впереди и был солистом, а бабушки и тетушки подпевали.
Родители отдали его в Московскую академию хорового искусства имени Свешникова, из которой он вылетел в тринадцать лет. Мальчику было тоскливо сидеть на уроках сольфеджио, а в четырнадцать он завершил карьеру военного дракой в тверском Суворовском училище. Дмитрий никогда не шел против совести, всегда рубил с плеча, обдумывать и семь раз отмерять что-либо — это не про него.
И все же музыка была для него главным делом жизни. Как-то ему предложили позаниматься вокалом с преподавателем Гнесинского училища. Маргарита Йосифовна предложила встретиться в училище, но в первый день, обегав все здание, Дмитрий не нашел ее, на следующий день история повторилась вновь, наконец третья попытка удалась. Они случайно встретились в коридоре ГИТИСа, где женщина передала ему папку с нотами. Это была судьба, говорил Дмитрий Дьяконов, актер музыкального театра.
Окончив в 2003 году РАТИ, курс А. А. Бармака и Р. Г. Виктюка, и заслуженно получив диплом о «вышке», Дмитрий окунулся в отечественные сериалы. Еще на третьем курсе он снялся в небольшой роли в картине «На углу, у Патриарших 2», сыграл дембеля в «Трех сестричках». После его ждала роль в картинах «Бумер», «Колодец», «Марш-бросок». Карьера молодого актера стала набирать обороты, он был нарасхват.
Актер просто физически не мог сидеть дома, чем больше было ролей, тем лучше для него. Когда режиссер Мохов предложил ему главную роль в сериале «Братаны», Дмитрий прикинул: в мюзикле он занят семь дней в неделю, а по субботам и воскресеньям два дневных спектакля по три часа каждый, съемки картины должны проходить за двести километров от Москвы и ответ его был: «Могу, хочу и буду!».
За недолгую жизнь этот актер снялся во многих картинах. Список приводится ниже:
Дмитрий не дожил буквально несколько дней до премьеры фильмов «Северный ветер» и «Братаны». Причина смерти Дмитрия Дьяконова — это разрыв сердца, острая сердечная недостаточность. Хоронили его, когда по телевизору шел фильм «Братаны». Роль десантника Костика («Братаны») и водителя Николая в сериале «Северный ветер» стали его последними работами.
Учась в Российской академии театрального искусства, Дмитрий Дьяконов сыграл в мюзиклах «Гамлет», «Норд-Ост», «Бременские музыканты», затем были «Красавица и чудовище», «Двенадцать стульев», «МАМА МИА» и «Кошки».
В личной жизни ему не так повезло, с супругой пришлось расстаться, но сынишку Мишу он просто обожал. И эта любовь была взаимной. День, когда Миша оставался у отца, был самым счастливым. Можно было делать все — гулять по городу, есть чипсы и смотреть телевизор до ночи, ведь там он мог увидеть папу. Однажды увидев на экране отца в «крови», мальчик долго не мог прийти в себя от увиденного и ему пришлось объяснять, что это «понарошку». Такие моменты наполняли теплотой сердце актера.
И все же причина смерти Дмитрия Дьяконова ясна лишь Господу, людям бывает трудно осознать утрату, пережить горе, остается лишь смириться и воздавать молитвы о душе усопшего раба Божия Димитрия.
На чтение 12 мин Просмотров 51.2к. Опубликовано Обновлено
Мы составили список известных актеров, которые ушли из жизни совсем молодыми, с фото, возрастом и причиной смерти. Эти люди могли сделать еще очень многое для кинематографа и радовать зрителей новыми образами, но, к сожалению, их жизнь оборвалась. Предлагаем вспомнить яркие роли и запоминающиеся образы этих молодых талантливых звезд.
Дата и причина смерти: 3 сентября 2012 года, несчастный случай
Возраст: 22 года
Главные фильмы: «Ангел в сердце», «Ящик Пандоры», «Чемпионы из подворотни»
Казалось бы, этот мальчик был обречен на успех – Даниил был похож как две капли воды на своего звездного отца, Дмитрия Певцова и, безусловно, был очень талантлив. Он успел окончить ВГИК, принять участие в спектаклях Театра Луны и сняться в трех отечественных мини-сериалах. Все только начиналось, но трагический несчастный случай не дал Даниилу раскрыть весь свой потенциал – на встрече выпускников парень решил подурачиться на балконе и сорвался вниз. От полученных травм актер скончался спустя девять дней после происшествия.
Дата и причина смерти: 27 сентября 2017, ДТП
Возраст: 18 лет
Главные фильмы: «Тайна Егора», «Частное пионерское», «Власик. Тень Сталина», «Улица»
Егор с самого раннего детства был знаком со сценой – сын музыканта Дмитрия Клинаева, он решил пойти по стопам отца. Сначала мальчик принимал участие в выступлениях группы «Непоседы», а позднее стал резидентом проекта Анжелики Алфёровой-Арутюнян «Jazz Parking». Кроме музыкальных талантов, Егор проявил себя в качестве ведущего на юношеском канале «Карусель» и снялся в нескольких успешных кинопроектах. Егор был сбит на МКАДе в тот момент, когда помогал людям, пострадавшим в ДТП.
Дата и причина смерти: 22 января 2008, передозировка болеутоляющих, снотворных препаратов и антидепрессантов
Возраст: 28 лет
Главные фильмы: «Темный рыцарь», «Горбатая гора», «10 причин моей ненависти», «Патриот», «Казанова»
Человек, которого многие зрители считают самым запоминающимся Джокером из киноэпопеи про Бэтмена, тоже относится к молодым актерам, которых уже нет в живых. За данную роль Леджер получил премии Оскар и Золотой Глобус. Правда, уже посмертно. На родине актера, в Австралии, в 2014 году учредили премию имени Хита, которая позволит талантливым ребятам получить неплохую финансовую помощь и возможность обучаться актерскому мастерству в Лос-Анджелесе.
Дата и причина смерти: 20 декабря 2009, пневмония
Возраст: 32 года
Главные фильмы: «Сильная женщина», «Молодожены», «Городские девчонки», «Город грехов»
Эффектная блондинка начала свою актерскую карьеру еще в подростковом возрасте. Первыми проектами Бриттани стали небольшие роли в молодежных комедиях и сериалах». Известность пришла к ней после того, как она снялась в фильме «Бестолковые» с Алисией Сильверстоун. Актриса скончалась от пневмонии. Также вскрытие выявило железодефицитную анемию. С этими же диагнозами через полгода в больнице оказался ее вдовец Саймон Монджек. Мужчина скончался, а журналисты выдвинули свою версию – в смертях Бриттани и Саймона виноват грибок, которым был поражен дом актрисы.
Дата и причина смерти: 24 февраля 1996, пожар
Возраст: 26 лет
Главные фильмы: «Гостья из будущего», «Ералаш», «На своей земле», «Повод»
Одаренный и разносторонний мальчишка покорил режиссерские сердца очень рано, а зрительские — после выхода на экраны очередной серии культового советского киножурнала «Ералаш». Но настоящая слава и любовь пришли после выхода «Гостьи из будущего». Его называли Колей Герасимовым, и он смирился с этим, а вот с отсутствием ролей смириться не смог. Невостребованность и проблемы с алкоголем погубили Алексея, который погиб во время пожара под Владимиром. Мужчина был нетрезв и просто не смог покинуть помещение.
Дата и причина смерти: 26 июля 2019, несчастный случай
Возраст: 24 года
Главные фильмы: «Брестская крепость»
Белорусская актриса запомнилась зрителям своей ролью Анны Кижеватовой в «Брестской крепости». Неизвестно, сколько еще прекрасных образов могла бы создать девушка на киноэкране, если бы не ее смерть. Свадебное путешествие Вероники закончилось трагедией – она утонула в реке Текланика, по дороге к автобусу из кинофильма «В диких условиях». Фильм, основанный на реальной истории, заканчивается гибелью главного героя от истощения. Ему, как и Веронике, по иронии судьбы было всего 24 года.
Дата и причина смерти: 31 октября 1993, передозировка наркотиков
Возраст: 23 года
Главные фильмы: «Мой личный штат Айдахо», «На холостом ходу», «Дурацкое пари», «Индиана Джонс и последний крестовый поход»
К ушедшим актерам, которых не хватает зрителем, можно смело добавить брата Хоакина Феникса, Ривера. Уже в девятнадцатилетнем возрасте он был номинирован на Оскар. Его считали чрезвычайно талантливым парнем и пророчили звездное будущее. Предсказаниям сбыться было не дано – Ривер скончался от передозировки наркотиками у входа в бар «Вайпер Рум», которым владел его друг Джонни Депп.
Дата и причина смерти: 20 сентября 2002, сход ледника в Кармадонском ущелье
Возраст: 30 лет
Главные фильмы: «Брат», «Медвежий поцелуй», «Восток-Запад», «Кавказский пленник»
Данила Багров, блестяще сыгранный Сергеем в фильме «Брат» и «Брат-2», стал символом целой эпохи российского кино, а трагедия в Кармадонском ущелье — холодным ударом по сердцам его поклонников. Бодров-младший запомнился целому поколению не только как блестящий актер, сценарист и режиссер, но и прекрасный ведущий – до 1999 года он вел программу «Взгляд» на телеканале ОРТ, а также выступал в качестве ведущего в проекте «Последний герой».
Дата и причина смерти: 18 октября 2009, сердечно-сосудистая недостаточность, остановка сердца
Возраст: 22 года
Главные фильмы: «Громовы», «Сволочи», «Дом на Озерной», «Почтальон»
Василий стремительно ворвался в отечественную киноиндустрию и сумел доказать, что если ты талантлив, то можешь обойтись и без специального образования. За его плечами было трудное детство, проведенное в детском доме, и колония для несовершеннолетних преступников. Случайно оказавшаяся в руках режиссера видеозапись спасла мальчика от падения вниз по наклонной – Светлана Стасенко не только отобрала его для роли в «Ангеле на обочине», но и оформила над ним опекунство. После того как парню исполнилось 18, он вернулся к матери и младшим братьям, простив им прошлые ошибки. Он умер во сне от остановки сердца, хотя никогда не жаловался на него ранее.
Дата и причина смерти: 25 августа 2001, авиакатастрофа
Возраст: 22 года
Главные фильмы: «Королева проклятых», «Ромео должен умереть»
Карьера Алии Даны Хоутон началась в 12-летнем возрасте. Ее дебютный альбом дважды становился платиновым. За год до своей смерти, талантливая R&B-певица была номинирована на Грэмми. Успех ждал ее и на актерском поприще – после первой же роли в «Ромео хочет умереть», Майкл Раймер пригласил ее в кинокартину «Королева проклятых». Главным виновником смерти молодой артистки стал пилот Луи Моралес III, который сел за штурвал без лицензии, находясь в состоянии алкогольного и наркотического опьянения. Авиакатастрофа унесла восемь жизней, включая принцессу R&B.
Дата и причина смерти: 31 марта 1993, несчастный случай
Возраст: 28 лет
Главные фильмы: «Ворон», «Разборки в маленьком Токио», «Беглый огонь», «Операция Лазер»
Среди молодых актеров, жизнь которых оборвалась на пике популярности, есть сын легендарного актера и мастера боевых искусств Брюса Ли, Брэндон. С самых ранних лет он занимался боевыми искусствами и актерским мастерством. Желавший покорить Голивуд парень был воспринят режиссерами не как самостоятельная личность, а лишь как сын звезды. Брэндон переживал, но постепенно доказал, что он – стоящий актер. Успех должен был закрепить фильм «Ворон». Он погиб из-за вылетевшей в него заглушки от пистолета во время съемок финальной сцены данной мистической драмы.
Дата и причина смерти: 19 июня 2016, несчастный случай
Возраст: 27 лет
Главные фильмы: «Сердца в Атлантиде», «Выживут только любовники», «Ночь страха», «Зеленая комната»
Антон родился в семье знаменитых советских фигуристов, Виктора и Ирины Ельчиных. Когда мальчику было всего полгода, пара решила иммигрировать в США. Антон начал карьеру с телесериалов, а позднее даже принимал участие в кастинге на роль Гарри Поттера. Долгие годы Антон боролся с муковисцидозом, наследственным заболеванием. Актер был раздавлен собственным авто у дома – он не поставил машину на ручной тормоз, и был прижат ею к кирпичной стене.
Дата и причина смерти: 5 октября 2019, онкология
Возраст: 33 года
Главные фильмы: «Возвращение Мухтара», «Кривое зеркало души», «Фото на документы», «Доктор счастье»
Украинская артистка Марина Куклина, к несчастию, продолжила наш список молодых актеров, которые рано ушли из жизни. Ее называли «девушкой, излучающей свет». После окончания театрального ВУЗа в Киеве, она больше десяти лет принимала участие в постановках Киевского ТЮЗа на Липках. В ее копилке роли Полианны, в одноименном спектакле, Вирджинии в «Кентервильском приведении» и Падчерицы в «Двенадцати месяцах».
Дата и причина смерти: 6 июля 2019, эпилепсия
Возраст: 20 лет
Главные фильмы: «Одноклассники», «Зеркала», «На крючке», «Остин и Элли»
Первое появление Камерона на телеэкранах произошло в 9 лет – он снялся в клипе американской рок-группы «Panic! At the Disco». Симпатичного обаятельного мальчика быстро заметили режиссеры, и далее последовали роли в сериалах и фильмах, приглашения на телешоу и даже выступление на свадьбе Кейт Миддлтон и принца Уильяма. Парень страдал эпилепсией, от приступа которой и скончался во сне в столь юном возрасте.
Дата и причина смерти: 24 мая 2008, убийство
Возраст: 18 лет
Главные фильмы: «Гарри Поттер и Принц-Полукровка», «После твоего ухода»
Если бы не убийство, Роберт Нокс продолжал бы радовать зрителей своей ролью Маркуса Белби в Поттериаде. Карл Бишоп, зарезавший заступившегося за своего брата актера, «внес» Роберта в список трагически умерших в раннем возрасте артистов. Нокс дебютировал с маленькой роли в популярном детективном сериале «Чисто английское убийство», принимал участие в реалити-шоу и тележурналах и мог достичь больших высот.
Дата и причина смерти: 23 апреля 2015, самоубийство
Возраст: 19 лет
Главные фильмы: «Все любят Рэймонда», «Зажигай со Стивенсами»
Сойер вместе со своим братом-близнецом и сестрой Мэделин прославились благодаря комедийному сериалу «Все любят Рэймонда» — на протяжении девяти сезонов дети радовали зрителей своими ролями в этой классической ситуационной комедии. Не дожив всего пару недель до своего двадцатилетия, актер застрелился у дома своих родителей, чем вызвал огромный общественный резонанс.
Дата и причина смерти: 15 января 2008, передозировка героином
Возраст: 25 лет
Главные фильмы: «Способный ученик», «Коллектор», «Мумия: Обреченные», «Спящие»
В первом же фильме «Клиент» Брэд уже выступал в главной роли, а его партнерами стали такие голливудские величины, как Томми Ли Джонс и Сьюзан Сарандон. Далее последовали не менее громкие картины с его участием, такие, к примеру, как «Способный ученик», снятый по мотивам книги Стивена Кинга. Но своими скандалами Брэд прославился куда больше – неоднократные аресты, наркозависимость и проблемы с алкоголем сделали его героем желтой прессы. Он умер после шумной вечеринки от передозировки.
Дата и причина смерти: 9 августа 2005, сердечная недостаточность
Возраст: 32 года
Главные фильмы: «Крупная рыба», «Дом 1000 трупов», «Парень из пузыря», «Темное место»
Этот актер прославился не только благодаря своим актерским способностям, но и во многом из-за своего удивительного роста. Мэттью страдал от гигантизма – уже в детском саду его вес превышал 70 кг, а рост – отметку в полтора метра. Основная часть его ролей – пришельцы, великаны и демоны, но практически все образы, воплощенные МакГрори за его короткую жизнь, получились запоминающимися и яркими.
Дата и причина смерти: 25 июля 1988, убийство
Возраст: 10 лет
Главные фильмы: «Все псы попадают в рай», «Сумеречная зона», «Земля до начала времен»
Маленькая и хрупкая Джудит часто играла детей младше ее по возрасту. Ее мать, мечтавшая в молодости стать актрисой, всячески поддерживала Джудит. Родители малышки еще не знали, что не смогут пережить свалившегося на них успеха дочери и огромных гонораров, зарабатываемых ребенком. Отец девочки сначала начал пить, а потом медленно сходить сума – и без того скрытный Джозеф после потери работы начал заметно волноваться из-за того, что добытчиком в их семье стала Джудит. Вскоре он застрелил дочь и жену, поджег дом, после чего совершил самоубийство.
Дата и причина смерти: 18 мая 1997, передозировка наркотиков
Возраст: 21 год
Главные фильмы: «Улыбки Саванны», «Ловушка для родителей 2», «Несчастливы вместе»
Бриджит Андерсен, к несчастию, дополнила наш список известных актёров, которые ушли из жизни совсем молодыми с фото, возрастом и причиной смерти. Будучи еще совсем ребенком, девочка сумела прорваться на голливудский Олимп. В семилетнем возрасте она сыграла главную роль в «Улыбке Саванны», за которую получила свою первую из четырех номинаций «Молодежь в кино». В подростковом возрасте ей практически перестали предлагать участие в фильмах. К двадцати годам у нее были уже весьма серьезные проблемы с алкоголем и наркотиками. Причиной зависимостей можно считать как раннюю славу и последующую невостребованность, так и проблемы с родителями, от которых она отдалилась в последнее время. Как бы то ни было, Бриджит умерла от передозировки, когда ей был всего 21 год.
Столяров Кирилл является заслуженным артистом России. Также он удостоился звания Президента Культурно-просветительского фонда имени Народного артиста СССР С. Д. Столярова.
Кирилл Сергеевич Столяров родился 28 января 1937 года в Москве. Его отец – Столяров Сергей Дмитриевич, а мать – Ольга Борисовна Константинова. Супруга – Нина Фёдоровна Головина. У Кирилла Столярова есть сын Сергей и дочь Екатерина. Кирилл Сергеевич происходит из известной актёрской династии Столяровых. Она берёт своё начало от Сергея Дмитриевича Столярова, который сыграл неописуемого красавца в таких ипостасях, как Садко, Алёша Попович, Руслан, Иван Царевич. Имя этого незабываемого артиста вошло в целую эпоху истории кинематографа России.
Популярность к сыну Сергея Дмитриевича пришла после того, как он получил большую роль в фильме-мелодраме под названием «Повесть о первой любви». Произошло это в конце пятидесятых годов. Своим обаянием в роли лирического героя он сумел с лёгкостью покорить огромное количество зрителей. Сергей Столяров-второй был назван в честь своего дедушки. Популярность в широких кругах ему удалось получить среди большого количества семей.
Особенно он полюбился семьям, в которых воспитывались дошкольники либо младшие школьники. А всё потому, что в то время он на протяжении нескольких лет снимался в телевизионной программе для детей «Детский час». В то время она пользовалась большой популярностью среди телезрителей. Помимо этого, он также снимался в кино. Такие фильмы, как «Цыганское счастье», «Завтра была война», «Возвращение», принесли актёру небывалую известность. Благодаря сыгранным ролям он стал не только популярным, но и любимым актёром хорошего кино.
Столяров Кирилл учился во Всесоюзном государственном институте кинематографии. Но ещё до поступления на учёбу он начал свою творческую карьеру. Перед тем как начать обучение в институте, Кирилл Сергеевич успел сняться в четырёх картинах. В 1955-1956 годах он снимался в фильме «Сердце бьётся вновь». С 1995 по 1956 год актер сыграл в картине «Повесть о любви».
В 1958 году были съёмки в «Сверстницах», а через год – в фильме «Человек человеку». Кирилл Столяров – актёр, любимый многими. Этот талантливый человек окончил обучение во ВГИКе в 1959 году. После этого он стал работать в студии киноактёра. В следующем году начались его непрерывные съёмки в кино. Кроме этого, успевал играть в театре и успешно работать на эстраде Кирилл Столяров. Биография этого известного актёра полна интересных жизненных историй. Не менее интересны роли, в которых довелось играть Кириллу Сергеевичу. Несмотря на разнообразную тематику фильмов, ему удавалось гармонично перевоплощаться в каждого своего персонажа.
За восемь лет, начиная с 1960 года, сыграл немало ролей Кирилл Столяров. Фильмы с его участием известны многим и большинству успели полюбиться за свою лёгкость, а вместе с тем и за то, как тонко в них раскрываются важные жизненные ситуации. На протяжении 1959-1960 годов Столяров Кирилл снимался в фильме «Им было 19». После этого он играл в картине «Жизнь сначала» на протяжении 1961-1962 годов. Следующие два года были заняты съёмками в «Секретаре обкома». Кроме этого, в 1964 году он ещё успел сняться в фильме «Да здравствует Республика!».
После этого на протяжении двух лет Столяров Кирилл работал над картиной «Спроси своё сердце». В 1965-ом он снимался фильме «Последние залпы», а в 1966 году – играл роль в «Таинственном монахе». С 1967 по 1968 год актёр работал над картиной «Когда расходятся туманы». Также в 1968 году снялся в «Морском характере».
В 1969-1970 годах были съёмки в фильме «Когда расходится туман». Далее последовала увлекательная, но вместе с тем непростая работа в картине «А зори здесь тихие». Кирилл Столяров снимался в этом фильме в 1976 году. Этот год вообще был очень плодотворным для актёра. В это время он играл много, в основном ему доставались одни из важных ролей.
К примеру, в фильмах «Пётр Рябинкин» и «Голубой портрет» он мастерски показал своих персонажей. За такую искреннюю и профессиональную работу его полюбили не только коллеги, но и зрители. С каждым годом у него становилось всё больше и больше поклонников. Принесли известность актёру и его роли в картинах «Такая профессия», «Людвиг Варынский» и «Зори зацелуются». Кроме этого, Столяров Кирилл снимался в телевизионном фильме «Андрей Колобов».
Профессиональная деятельность актёра не была ограничена съёмками в кино. С 1959 по 1960 год он участвовал в спектакле «Несущий в себе» в Театре-студии киноактёра. Но это был не единственный показ, в котором принимал участие Кирилл Столяров. В 1961 году он играл в спектакле под названием «Первая встреча». В 1964 году у него была роль в постановке «Иван Васильевич».
Далее его актёрская деятельность продолжилась участием в 1967 году в пьесе «Славы». Наиболее полюбился зрителям его спектакль под названием «Иван Васильевич». Картина была снята на основе пьесы М. Булгакова. В этом спектакле Столяров Кирилл играл главную роль. О популярности этой работы можно судить по количеству постановок. А сыграл их Кирилл Сергеевич около 400.
С 1961 года актёр принимал активное участие в киноконцертных программах, которые организовывались на стадионах. Кроме этого, он трудился вместе с ведущими артистами кино. Также он принимал участие в программе «Пусть всегда будет солнце». Такая деятельность актёра продлилась до 1996 года. После этого он стал регулярным участником концертов, которые организовывались во Дворцах спорта. Также он принимал участие в таких программах, как «Мы из кино», «Десять звёзд», а также «Товарищ кино 77», «Товарищ кино» и многих других.
За всю свою творческую жизнь актёр может гордиться огромным количеством ролей, сыгранных в фильмах, и участием во многих программах. Его профессиональные интересы были очень разносторонними. Но в его жизни случилось большое горе, которое стало постепенно отнимать у него силы. Актер на протяжении восьми лет жил с таким страшным недугом, как злокачественная опухоль. До последних сил боролся с раком Кирилл Столяров.
Причина смерти артиста – это болезнь, которая длительное время забирала у него здоровье. Не стало Кирилла Сергеевича Столярова 11 октября 2012 года. Только в январе он отметил 75-летие. Смерть актера стала большой трагедией для поклонников и родственников. Близкие изо всех сил старались оттянуть этот момент. Они делали всё возможное, чтобы продлить годы жизни любимого им человека. Их не пугало даже то, что о полном выздоровлении врачи и не говорили. В 23 часа 11 октября сын Сергей сообщил о том, что не стало его отца. Также он сказал, что панихиды не будет. 13 октября будет отпевание, после которого тело актёра кремируют. Похоронили Кирилла Столярова на Ваганьковском кладбище в Москве.
ГАЛКИН Владислав
ГАЛКИН Владислав (актер театра, кино: т/ф «Приключения Тома Сойера и Гекльберри Финна» (1982; главная роль – Гекльберри Финн), «Этот негодяй Сидоров» (1983; главная роль – Алеша Сидоров), «Золотая цепь» (1986; главная роль – юнга Сенди Прюль), «Абориген» (1989; главная роль – Борька Хромов), «Игра» (1992; главная роль), «Ворошиловский стрелок» (1998; участковый милиционер Алексей), «В августе 44-го…» (2000; главная роль – старший лейтенант Таманцев), сериал «Дальнобойщики» (главная роль – дальнобойщик Сашок), «Эскиз на мониторе» (главная роль – Олег) (оба – 2001), сериал «По ту сторону волков» (главная роль – фронтовик Сергей Высик), «Светские хроники» (главная роль – Антон Корягин), сериал «Следствие седут знатоки» – Дело № 23 «Десять лет спустя» (Авдеев), сериал «Спецназ» (главная роль – старший лейтенант Яков Урманов, «Якут») (все – 2002), «Приключения мага» (гаишник, старший лейтенант Гоша Григорьев), сериал «Спецназ-2» (главная роль – Яков Урманов, «Якут»), сериал «Участок» (Виталий Ступин) (все – 2003), «72 метра» (мичман Михайлов), сериал «Дальнобойщики-2» (главная роль – дальнобойщик Сашок), сериал «Диверсант» (главная роль – Григорий Калтыгин) (все – 2004), сериал «Гибель империи» (начальник контрразведки Никитин), сериал «Казароза» (главная роль – Свечников), сериал «Мастер и Маргарита» (поэт Иван Николаевич Бездомный), «Пороки и их поклонники» (главная роль – Владимир Архипов) (все – 2005), «Жаркий ноябрь» (2006; главная роль – Филин), сериал «Диверсант-2. Конец войны» (2007; главная роль – майор Григорий Калтыгин), «Неидеальная женщина» (главная роль – Валерий), сериал «Петровка, 38. Команда Семенова» (главная роль – майор милиции Андрей Семенов), «Я лечу» (главная роль – хирург Александр Николаевич Гордеев) (все – 2008), «Грязная работа» (главная роль – частный детектив Тимофей Тарасов), «Логово змея» (главная роль – Владимир Драч) (оба – 2009), сериал «Котовский» (главная роль – Григорий Иванович Котовский), «Я не я» (главная роль – Виктор Запальцев) (оба – 2010) и др.; скончался 25 февраля 2010 года на 39-м году жизни).
В последние несколько лет все в жизни Галкина складывалось как нельзя лучше. Он ежегодно снимался в двух-трех фильмах, причем в главных ролях, был удостоен звания заслуженного артиста России (6 февраля 2009 года). Однако, принимая это звание, ни сам Галкин, никто из его близких и поклонников даже не мог себе представить, что впереди актера ждет черная полоса в жизни, за которой маячит скорая смерть.
Все закрутилось в ночь на 24 июля 2009 года. Накануне Галкин отснялся в последних сценах сериала «Котовский», в котором играл главную роль – Григория Котовского – и, судя по всему, так и не вышел из роли. Его герой, ставший в послереволюционные годы героем Гражданской войны на стороне большевиков, до революции слыл удачливым налетчиком, грабившим богатых россиян. Котовского отличала бесшабашная удаль и смелость. Скажем прямо, Галкин сыграл это в кино достаточно правдоподобно, однако после съемок так и не сумел быстро об этом забыть. В итоге на другой день после окончания съемок он пришел в нетрезвом виде в кафе «Тики-бар» в центре Москвы и, недовольный качеством обслуживания, устроил форменный дебош. Сначала ударил стулом по барной стойке, а затем и вовсе совершил нечто запредельное: извлек на свет травматический пистолет и стал стрелять по бутылкам, стоявшим на полке за спиной бармена. Когда в кафе прибыл наряд милиции из Пресненского УВД, вызванный администрацией заведения, Галкин и тогда не успокоился, а продолжил свои художества – ударил по лицу местного участкового. За это стражи порядка его скрутили и доставили в ближайшее отделение милиции. Там Галкин просидел до утра, после чего был выпущен под честное слово его отчима, актера Бориса Галкина, но с обещанием со стороны милиционеров обязательно довести это дело до суда.
Этот инцидент широко освещали российские СМИ, которые задавались недоуменным вопросом: с чего бы это один из самых добропорядочных российских актеров, исполнявший в кино роли исключительно положительных героев (в том числе и милиционеров), вдруг ни с того ни с сего устроил такой разнузданный дебош. На ум приходили разные ответы: что дало себя знать давнее пристрастие Галкина к спиртному, что у актера из-за бешеного ритма съемок в «Котовском» (съемки шли с конца мая по конец июля) просто сдали нервы.
Между тем этот скандал существенно подорвал реноме Галкина. Его вывели из Общественного совета МВД, куда он входил в течение нескольких лет как талантливый актер, популяризирующий в кино работу правоохранительных органов, у него распалась семья (от Галкина ушла жена, актриса Дарья Михайлова, с которой они прожили 11 лет). И хотя внешне актер старался не подавать виду, как ему тяжело на душе (даже завел себе новую любовь, о чем немедленно сообщили те же СМИ), однако, судя по дальнейшим событиям, этот скандал стал отправной точкой скоропостижной смерти актера.
23 декабря (за два дня до 38-летия Галкина) в Пресненском суде состоялось слушание дела по факту его дебоша в кафе. Поскольку на нем актер полностью раскаялся в содеянном, плюс противная сторона проявила к нему снисхождение (свои иски отозвали и бармен заведения, и участковый милиционер, которого актер ударил), суд вынес мягкий приговор – 1 год 2 месяца условного тюремного срока с испытательным сроком полтора года. Казалось, что на этом история благополучно завершилась, тем более что два дня спустя Галкин отправился отмечать день рождения в Санкт-Петербург, да не один, а с некоей женщиной-продюсером. Тогда многим показалось, что постепенно все в жизни Галкина наладится и он вновь обретет душевный покой. Но этого не случилось.
Уже сразу после новогодних каникул, в январе 2010 года, СМИ сообщили, что Галкин угодил в больницу. Писали, что из-за чрезмерных возлияний у него обострилась давняя болезнь – панкреатит, что и привело его на больничную койку. Это событие стало первым звонком к последующей трагедии. Оказалось, что душевное состояние Галкина по-прежнему в раздрае, и никакие новые «романы» ему не помогают. Тем более, как выяснится потом, в любовных отношениях ему в последнее время особенно не везло.
Так, за год до смерти он познакомился в Киеве с женщиной, с которой у него завязались отношения. Все шло к разводу Галкина с женой (тем более что в последнее время они уже не жили вместе) и попытке создания новой семьи. Но не сложилось. Галкин колебался в своем окончательном выборе, и эти колебания не понравились противной стороне. Женщина решила сделать паузу в их отношениях. То ли чтобы Галкин наконец определился, то ли потому, что устала от этой связи (по ее же словам: «У меня было предчувствие, что у нас не получится. Наверное, не судьба…»). В итоге с декабря женщина прервала с актером даже телефонную связь (завела себе второй мобильный, а первый отключила), что, естественно, стало еще одним ударом для актера.
Пробыв в больнице около десяти дней, Галкин выписался домой. Его душевное состояние продолжало оставаться тяжелым. Как вспоминает его приятель – десантник Андрей:
«Я общался с Владом за неделю до смерти. Он был не в лучшем состоянии. Подавлен и удручен. Сказал, что разочаровался в жизни, что никому не нужен. И ему просто незачем жить. Говорил, что закрадывалась даже мысль руки на себя наложить, но вспомнил о родителях – нельзя же быть эгоистом! Я был в командировке, не в Москве, и просто не мог приехать и поддержать товарища. Но попытался успокоить, дескать, скоро твой фильм про Котовского выйдет, будешь смотреть себя по телику. А он вздохнул: «Если доживу».
Сегодня эти его слова я вспоминаю с содроганием. Он сказал, что на душе его так тоскливо и мрачно. Так ему хреново, что белый свет не мил. Личная драма у него была какая-то. То ли девушка любимая его бросила… Я в эти дела его не лез. Да и всех событий со стрельбой в баре и судом, что широко обсуждались, он не мог забыть. Сильно переживал! Говорил, что разочарован в людях. Дескать, сколько в мире злобы и непонимания. А ему очень плохо. Друзья его пасли, чтоб он не пил. Но он все равно напивался, улучив момент. А пить ему категорически было нельзя с его нездоровым сердцем. Тем более после сильного медикаментозного лечения в больнице! Мне казалось, что он что-то предчувствовал.
Кто-то сказал, что его затравили журналисты. Да глупости! Если человек хочет жить, он сделает все, чтобы жить, и пить бросит, если жизнь дорога. А Галкин сильно сдал. Он был раздавлен и потерян. Было ощущение, что он не видит для себя будущего…»
Галкин жил в съемной квартире (в собственной проходил ремонт) по адресу Садово-Спасская улица, дом 12/23, квартира 19. Жил абсолютно один, лишь изредка принимая у себя каких-то знакомых (соседи по подъезду потом утверждали, что в квартире Галкина иной раз слышались голоса и громко играла музыка). Однако подобные визиты были не часты и все остальное время Галкин предпочитал коротать дни в одиночку, причем единственным занятием его при этом было… глушить одиночество спиртным. Это было давнее пристрастие актера, которое в итоге и сыграло в его судьбе роковую роль.
По злой иронии судьбы его родители в те дни не смогли быть рядом с сыном: отчим должен был сниматься в очередном фильме («Отставник-2») в Санкт-Петербурге и уехал туда вместе с женой, матерью Галкина. Однако присматривать за сыном Борис Галкин попросил своего друга Игоря Костенко, работника МВД. И тот раз в день приезжал к Владиславу. В последний раз он навестил его в четверг, 25 февраля. Состояние Галкина удручило визитера: актер был нетрезв, на лице был синяк от ушиба. Поскольку большого толка от такого разговора не было, гость решил перенести его на завтра. Однако на следующий день дверь ему никто не открыл. Не среагировал Галкин и на звонки по сотовому. Решив, что актер попросту спит, Игорь решил повторить свой визит на следующий день, в субботу.
На другое утро все повторилось: Игорь позвонил, но никто не ответил. Вот тогда он и заподозрил неладное и немедленно вызвал МЧС и милицию. Дверь вскрыли и обнаружили Галкина мертвым в его постели. Судя по всему, смерть наступила пару дней назад от внезапной остановки сердца после отека внутренних органов, в частности поджелудочной железы (то есть после острого приступа перитонита). Чуть позже в СМИ («Московский комсомолец», номер от 1 марта 2010 года) будет опубликовано интервью с сотрудником милиции, который присутствовал при вскрытии квартиры Галкина. Приведу его полностью:
«Влад лежал лицом вниз на кровати в спальне. На нем были легкие камуфляжные брюки и черная футболка. В комнате, где нашли актера, обстановка была спартанская. Телевизор, шкаф, две тумбочки… В другой комнате – гладильная доска, гантели и множество коробок, обклеенных скотчем с надписью «деликатная перевозка». Еще мы обратили внимание на обилие пустых бутылок. На кухне – бутылка армянского коньяка емкостью 0,7 литра, почти пустая. Рядом – пепельница, наполненная окурками, и полупустой стакан с томатным соком. В коридоре на полу мы нашли несколько растертых пятен крови. Странные пятна были и на диване на кухне. Впрочем, возможно, это и не кровь…
На прикроватной тумбочке лежал зеленый листок с телефоном некоего Ильи, строителя, и припиской – «перезвонить». И мобильник с темным экраном – видимо, разрядился…
Думаю, Влад умер, потому что никого не оказалось рядом. Близкого человека, любимой женщины, которая могла бы его поддержать. И вытащить с того дна, где он находился в последнее время…»
На следующий день в СМИ были опубликованы результаты вскрытия актера. Цитирую по газете «Твой день»:
«Источник, близкий к следствию, рассказал следующее: «У Владислава обнаружили все признаки злоупотребления спиртным. У него увеличена селезенка, жировой гепатоз печени (когда клетки печени заменяются жировыми из-за частого употребления спиртного). Кроме того, у артиста было крайне изношенное сердце. На медицинском языке это звучит как «гипертрофия миокарда левого желудочка с дилатацией левого предсердия». Говоря попросту, сердце актера не выдержало нагрузок: переживания, нерегулярный сон, опять же злоупотребление спиртным.
При вскрытии явственно ощущался запах алкоголя. Официально причина смерти еще устанавливается, результаты взятых анализов будут готовы через месяц. Тогда же станет известно, сколько алкоголя содержалось в крови Галкина. Пока же предварительная причина смерти такова: кардиомиопатия (внезапная остановка сердца) предположительно вследствии алкогольного отравления…».
Естественно, что смерть молодого и талантливого актера вызвала определенный шок в обществе. Многие не могли понять, как обаятельный и здоровый с виду актер мог скончаться в 38 лет, да еще накануне премьеры фильма, где он играл главную роль (сериал «Котовский» должен был стартовать на канале «Россия-1» 1 марта). И все же назвать эту смерть событием, выходящим из ряда вон, было трудно – уж слишком много похожих смертей произошло за последнее время. Можно даже сказать, что в российском бомонде наступил настоящий мор людей, которого ранее никогда не было. И это, судя по всему, не случайно. Во внешне благополучной стране (подчеркиваю – «во внешне») подспудно идут гибельные процессы, о чем и свидетельствуют те же смерти известных людей в сравнительно молодом возрасте. Люди просто не выдерживают этого «дикого капитализма по-русски».
Чтобы не быть голословным, приведу список известных людей, сравнительно молодого возраста (40–55 лет), которые ушли из жизни в течение одного года (с февраля 2009-го до февраля 2010-го):
Дмитрий Дьяконов – сериальный актер, скончался 27 февраля 2009 года на 30-м году жизни; Валерий Брошин – бывший футболист команд «Зенит» (Ленинград) и ЦСКА (Москва), скончался 5 марта на 47-м году жизни; Игорь Стельнов – бывший хоккеист ЦСКА (Москва), скончался 24 марта на 47-м году жизни; Марк Алисов – сериальный актер, скончался 1 мая на 39-м году жизни; Андрей Иванов – бывший футболист «Спартака» (Москва), скончался 19 мая на 43-м году жизни, Жан Сагдеев – рок-музыкант, покончил с собой 3 июня, Олег Вакуловский – тележурналист, скончался 16 июня на 49-м году жизни, Павел Смеян – музыкант, скончался 12 июля на 53-м году жизни, Мадлена Вишневская – киноактриса, скончалась 11 августа на 26-м году жизни, Алексей Чирков – боксер, скончался 21 сентября на 30-м году жизни, Михаил Калатозишвили – кинорежиссер, скончался 12 октября на 51-м году жизни, Василий Лыкшин – сериальный актер, скончался 18 октября на 23-м году жизни, Владимир Тишенков (Шкет) – телеведущий, скончался 24 октября на 50-м году жизни, Игорь Вязьмикин – бывший хоккеист, скончался 30 октября на 44-м году жизни, Алена Бондарчук – киноактриса, скончалась 7 ноября на 48-м году жизни, Роман Трахтенберг – радиоведущий, скончался 22 ноября на 42-м году жизни, Владимир Турчинский – бодибилдер, актер и телеведущий, скончался 16 декабря на 47-м году жизни, Дмитрий Персин – сериальный актер, скончался 29 декабря на 47-м году жизни, Алексей Полуян – киноактер, скончался 15 января на 45-м году жизни, Анна Самохина – актриса, скончалась 8 февраля на 48-м году жизни.
Как видим, список достаточно внушительный. Еще раз повторюсь, такого мора известных людей, относительно молодого возраста, страна не знала с 90-х. Но те годы не зря называли «лихими». А как назвать нынешние?
Прощание с В. Галкиным состоялось 2 марта (в разгар показа по ТВ сериала «Котовский»). Вот как это событие описывали центральные СМИ.
«Московский комсомолец» (номер от 3 марта 2010 года, автор – Н. Карцев):
«…Вообще это красиво – Большая Никитская, омытая дождем от снега, когда весь центр еще не заперт в автомобильной пробке. Именно здесь, в храме у Никитских ворот, вчера отпевали актера.
Вдоль ограды, через каждые десять метров, стоят милиционеры… У центрального входа, рядом с расписанием литургий на март, – крупными буквами объявление: «Запрещается аудио-, фото– и видеозапись». Об этом попросили родственники Влада.
По их же воле в храм пускают только ближайших друзей покойного. У калитки стоит его отец, Борис Сергеевич, и лично говорит, кого следует пустить. Среди первых, прошедших внутрь, – четвертая жена Влада, Дарья Михайлова, и та женщина, которую не раз видели с Владом в последнее время, – Анастасия Шипулина. Проходят Владимир Гостюхин, Вилле Хаапасало, Аркадий Инин, Егор Бероев с женой, Сергей Маковецкий, Валерий Николаев, Яна Поплавская, Сергей Гармаш, Андрей Соколов… Друзья Влада вскоре полностью заполняют небольшой храм.
В это время простые люди, пришедшие проститься с актером, мокнут под снегом с дождем и обсуждают обстоятельства смерти Галкина… Останавливаются автомобили, водители открывают окна, спрашивают: «Что случилось?» Вдоль улицы слышны протяжные автомобильные гудки. Водители тоже хотят проститься…
Наконец калитка открывается. Любовь Толкалина выходит, кажется, не замечая людей вокруг, и что-то говорит по телефону. Алексей Серебряков отошел на проезжую часть, закуривает. Руки у него дрожат, сигарету он приканчивает за считаные секунды…
Следующий кадр – церемониальный зал Троекуровского кладбища № 1. С черного входа подъезжают катафалк и ритуальный автобус с родственниками. Борис Галкин смотрит за тем, как в зал вносят деревянный крест и венки. Самые первые – от мамы и папы, а также от друга Бориса Сергеевича, Игоря Костенко, который как раз и присматривал за Владом в последнее время по просьбе его родителей…»
«Твой день» (номер от 3 марта, авторы – Е. Крудова, А. Ананьина):
«…Гражданская панихида, во время которой с «дальнобойщиком» попрощались около 200 человек, прошла в церемониальном зале Троекуровского кладбища.
– Это самое страшное, когда дети умирают раньше своих родителей, – говорил на панихиде актер Алексей Серебряков. – Но для всех нас он должен продолжать жить в своих ролях. Влад был великолепным, добрым человеком. Пусть земля ему будет пухом.
– Он был для меня братом! Сколько километров дорог мы исколесили в одной кабине! – едва сдерживая слезы, вспоминал Владимир Гостюхин, партнер Галкина по «Дальнобойщикам». – Я могу сказать тебе, Влад, что я пошел бы с тобой в разведку, да и ты не раз говорил мне то же самое… Я буду помнить тебя всегда.
…Последним взял слово отец Борис Галкин:
– Батюшка сказал мне, что нельзя плакать, потому что это плачет его метафизическое тело. И мы будем держаться, – тихо произнес Борис Сергеевич. – Я никогда не был человеком злопамятным, но за сына я отомщу! Те, кто виновен в его смерти, получат свое. Это будет дело моей жизни, всех тех дней, что отвел мне Господь.
К месту, где Галкин обрел последний покой, траурная процессия прошла в сопровождении военного оркестра, играющего похоронный марш.
Уже у самой могилы последний раз открыли крышку гроба, чтобы родные простились с Владом. В этот момент впервые за все время к семье актера подошла супруга Влада Дарья Михайлова, чтобы выразить соболезнования родителям Галкина. Но Борис Сергеевич отвернулся от невестки…
Гроб с телом Галкина опустили в могилу под звуки Российского гимна. Свое последнее пристанище Влад нашел рядом с могилами семьи актера Александра Дедюшко и актрисы Любови Полищук».
Данный текст является ознакомительным фрагментом. неожиданно для себя она встречает новых друзей и даже любовь.
На платформе more.tv
«Кодекс киллера»
Фото: MEGOGO Distribution
Режиссер: Мартин Кэмпбелл. В ролях: Сэмюэл Л. Джексон, Мэгги Кью, Майкл Китон, Роберт Патрик
Зрелищный экшен-триллер, полный интриг и неожиданных поворотов. Анна обучилась убивать у лучшего из наемников. В своем деле она профессионал. После смерти ее наставника ассасины выходят на тропу войны, но девушка готова принять вызов. К тому же в ее арсенале есть еще и искусство соблазнения…
В прокате с 19 августа
«Зеленый мэр»
Фото: КиноПоиск HD
Режиссер: Федор Балванович. В ролях: Илья Маланин, Филипп Ершов, Василий Копейкин, Екатерина Каратеева, Вероника Мохирева, Григорий Сиятвинда
Сериал про троих друзей, борющихся за экологию в родном городе; история о дружбе в токсичной экосреде, как называют «Зеленого мэра» его создатели. В небольшом российском населенном пункте, терпящем экологическую катастрофу, трое приятелей решают исправить ситуацию — создают «зеленую» партию и выдвигают своего кандидата на пост мэра, начиная менять отношение к природе у жителей целого города и формируя у них экоответственность.
С 20 августа в онлайн-кинотеатре «КиноПоиск HD»
«Русский роман»
Фото: Театр имени Маяковского
Режиссер: Миндаугас Карбаускис. В ролях: Евгения Симонова, Алексей Сергеев, Вера Панфилова, Мириам Сехон, Алексей Дякин, Татьяна Орлова, Юлия Соломатина, Сергей Удовик
99-й сезон «Маяковка» открывает хитом «Русский роман». Спектакль поставлен худруком Миндаугасом Карбаускисом, который в этом году отмечает 10 лет руководства театром. Вместе с Марюсом Ивашкявичюсом, автором пьесы, режиссер сплетает несколько времен и действительностей: произведения Льва Толстого и события его личной жизни, в центре которых — его жена Софья Андреевна. Любовь супругов, отягощенная гениальностью писателя, становится отражением чувств героев Толстого.
20 августа, 19:00, Театр имени Маяковского
«Евгений Онегин»
Фото: Геликон-опера
Режиссер-постановщик: Дмитрий Бертман. В ролях: Максим Перебейнос, Алексей Исаев, Ольга Щеглова, Сергей Абабкин, Игорь Морозов, Александра Ковалевич, Ольга Депутатова, Лариса Костюк, Екатерина Облезова
Первым событием 32-го сезона «Геликон-оперы» станет спектакль в формате open-air в рамках подмосковного фестиваля «Русская опера у стен монастыря». Труппа представит «Евгения Онегина» Петра Чайковского в трех старинных городах — Серпухове, Дмитрове и Сергиевом Посаде. Эта опера — знаковая для театра. На ней выросло несколько поколений геликоновских звезд, ведь главные роли в ней всегда играли молодые артисты. Первым «Геликон-оперу» примет Серпухов.
21 августа, 18:00, Соборная площадь Успенского монастыря, Серпухов
«Между делом»
Фото: Театр имени Пушкина
Режиссер: Евгений Гришковец. В ролях: Александр Арсентьев, Алексей Агранович, Таисия Вилкова, Ирина Бякова, Александра Урсуляк, Владимир Большов
Как говорит автор пьесы и режиссер Евгений Гришковец, «Между делом» — почти документальная драма, у героев которой есть реальные прототипы. Это история попытки совершить благородный поступок в современном мире, вести себя достойно. В пьесе нет плохих людей, нет отрицательных персонажей, у всех своя правда — и свои слабости. Мы знаем много случаев, когда хорошему человеку бывает очень трудно выстроить отношения с другим хорошим человеком».
24 августа, 19:00, Театр имени Пушкина
«Алиsа»
Фото: Театр имени Вахтангова
Художник-режиссер: Даниил Ахмедов. В ролях: Светлана Косульникова, Елена Кайзер, Ксения Бабкина, Вячеслав Ферапонтов, Александр Дьяконов, Виктор Буянов, Анжелика Золотарева, Антон Заборовский, Ренат Бояршинов
«Большие гастроли» Красноярского ТЮЗа в Москве продолжаются спектаклем «Алиsа». Получившая множество наград постановка Даниила Ахмедова обходится без слов. Зато в ней много музыки, пластики, танцев и визуальных эффектов. Зрителей ждет погружение в волшебный мир знаменитых сказок Льюиса Кэрролла. Вместе с Алисой они то ли упадут, то ли улетят в Страну чудес и встретятся с ее странными и забавными обитателями.
23 и 24 августа, 19:00, Театр имени Вахтангова, основная сцена
«Природа или прогресс»
Фото: пресс-служба центра современного искусства «Винзавод»
Фотограф Саша Генцис приглашает отметить свое 50-летие и 20 лет выставочной деятельности фотовыставкой-размышлением о технологическом процветании и об уважении к природе, а также о поиске здравого смысла непосредственно здесь и сейчас. Автор представил и захватывающие пейзажи, и заводские помещения промышленных гигантов, и такие снимки, где эти полярные полюса вступают в диалог.
До 3 сентября, Цех Красного, центр современного искусства «Винзавод»
«Детройт на болоте»
Фото: Дептранс Москвы
Музей транспорта Москвы в рамках экспозиции «Мечта москвича» представляет выставку «Детройт на болоте». Ее сюжетный центр — строительство и первые годы работы завода имени КИМ (Коммунистического интернационала молодежи). Впоследствии он выпускал первый в СССР массовый легковой автомобиль «Москвич».
Посетители в числе прочего увидят четырехместный легковой автомобиль Ford-A, который в период раннего СССР делали на КИМ и часто использовали как такси, и легендарную «полуторку» ГАЗ-АА, собиравшуюся позже на этом же предприятии и ставшую символом индустриализации. Музей также представил заводские оригинальные инженерные плакаты 1930-х годов.
До 31 октября, ВДНХ, павильон «Транспорт СССР»
«Время и Вещи. Исторический костюм в кино»
Фото: пресс-служба Киностудии им. М. Горького
Замечательная возможность узнать много интересного о моде и истории кино. В экспозиции представлены 69 предметов. Среди них — вечерние, свадебные и бальные платья, шляпы, камзолы актеров из легендарных фильмов «Лев Толстой», «Юность Петра», «Красное и черное», «Анна на шее» и других. Также здесь представлены предметы одежды со сложным кроем, узорами и инкрустациями, над которыми работали выдающиеся художники по костюмам и которые бережно сохранили и подготовили к выставке сотрудники комплекса костюма и реквизита Киностудии им. М. Горького.
До 30 октября, новое выставочное пространство Киностудии им. М. Горького
VI выставка SOVRISK #напотоке
Фото: пресс-служба парка «Зарядье»
Картина Олега Целкова «Портрет и пейзаж»
В обновленной экспозиции будет показана картина художника-нонконформиста Олега Целкова «Портрет и пейзаж» из коллекции РОСИЗО. Это дань памяти мастеру, скончавшемуся в июле 2021 года. Также зрители увидят премьерную работу Олега Хвостова и NFT-арт от Артемия Лебедева, Helen Anvor и pvkh4d.
До 5 сентября, Подземный музей парка «Зарядье»
Сергей Пенкин
Фото: пресс-служба ВДНХ
Долгожданный юбилейный концерт Сергея Пенкина, перенесенный с 18 июня. Пенкин — один из самых ярких и необычных артистов российской эстрады. Этим выступлением музыкант отпразднует 60-летие, представив программу главных хитов, которая включает в себя авторские песни, современные романсы, оперные арии, популярные западные шлягеры и композиции в стиле кроссовер.
Концерт состоится в формате COVID-free: каждый зритель, купивший билет, на входе должен будет предъявить персональный QR-код и документ, удостоверяющий личность.
21 августа, 20:00, Зеленый театр ВДНХ
«Jazzовые сезоны»
Фото: ИЗВЕСТИЯ/Зураб Джавахадзе
VII международный фестиваль Игоря Бутмана «Jazzовые сезоны» соберет лучших музыкантов: выступят джаз-оркестр Георгия Гараняна под управлением Станислава Должкова, LRK Trio, Светлана Жаворонкова & Acoustic Soul, Олег Аккуратов, Roosevelt Collier Band и другие.
Помимо насыщенной музыкальной программы зрителей ждут мастер-классы по игре на музыкальных инструментах, живописи, гончарному и кузнечному делу, спортивные мероприятия, ярмарка и многое другое.
21 и 22 августа, музей-заповедник «Горки Ленинские»
IX российский фестиваль короткометражного кино «Короче»
Фото: пресс-служба фестиваля
По итогам фестиваля будут выбраны победители в следующих номинациях: «Приз за лучший фильм», «Приз за лучший сценарий», «Приз за лучшую режиссуру», «Приз за лучшую операторскую работу», «Приз за лучший анимационный фильм». Также жюри вручит собственную награду — Специальный приз. В состав жюри вошли: председатель — продюсер, глава студии «ПРОФИТ» Игорь Толстунов, режиссеры Юрий Быков, Анастасия Пальчикова, Константин Бронзит, актеры Максим Лагашкин, Марина Александрова, оператор Сергей Козлов.
20–22 августа, Калининград
«Традиция»
Фото: Государственный историко-литературный музей-заповедник А. С. Пушкина, усадьба и парк Захарово
В подмосковной усадьбе Захарово пройдет ежегодный литературно-музыкальный семейный фестиваль под открытым небом с уникальной атмосферой. В этом году он будет в формате камерного пикника и объединит музыку, литературу (в том числе поэзию), философию, историю. Леонид Якубович представит свою книгу «Плюс минус 30: невероятные и правдивые истории из моей жизни», писатели Павел Зарифуллин, Захар Прилепин и Олег Шишкин — проект-антиутопию в стиле киберпанк «Беловодье-2077», а Алексей и Екатерина Бурдаевы научат водить хороводы и танцевать кадриль. Гостей ждут интересные встречи, инсталляции и арт-ярмарка.
21 августа, с 12:00, Государственный историко-литературный музей-заповедник А.С. Пушкина, усадьба и парк Захарово
Лене было одиннадцать лет, когда умер отец. Мать Антонина Деулина вскоре вышла замуж за адвоката Д. И. Гомберга, и семья перебралась в Москву. Лена воспитывалась с братьями Вадимом и Николаем, сестрой Лидой. Девочку отдали в женскую гимназию В. В. Потоцкой, которая по тем временам считалась довольно либеральной. В гимназии Елена подружилась с Асей Цветаевой — младшей сестрой Марины, будущей знаменитой поэтессы. Дом Цветаевых в то время был широко известен в московских кругах — готовился к открытию Музей изящных искусств.
Для провинциальной девочки это был совершенно новый, восхитительный круг общения. Она проводила у Цветаевых все воскресные вечера. Возможно, именно в эти вечера зародилось в сердце казанской девочки стремление к красивой жизни, желание войти в круг знаменитых людей, которое она потом с таким блеском воплотила в собственной жизни: «…Когда на Маринином диване мы говорили о будущем — путешествия, люди, зовущие гудки поездов, — Галя слушала Марину, точно глотала живую воду».
(Интересно, что Анастасия Цветаева называет подружку Галей — то ли это аберрация памяти, в которой отложилось более позднее, ставшее всемирно известным имя, то ли действительно близкие люди, с подачи матери, звали девочку Галей, невзирая на полученное при крещении имя Елена.)
Елена с отличием заканчивает гимназию и получает диплом учительницы. Отчим, Дмитрий Иванович Гомберг, стремился дать девушке блестящее образование. Она уже обладала знаниями, достаточными для светского общества, — свободно говорила по-французски, разбиралась в живописи и литературе, — и, возможно, продолжила бы учиться, если бы не проблемы со здоровьем. В 1912 году у 16-летней Елены обнаруживают туберкулез-довольно частую, но от этого не менее опасную по тем временам болезнь.
В Швейцарии можно было найти санатории на любой вкус и кошелек: от шикарных резиденций до скромных корпусов. Мать и отчим выбрали санаторий Клавадель недалеко от Давоса. Елена едет одна — это весьма неприлично по европейским меркам, девушку должна сопровождать если не мать, то хотя бы служанка или компаньонка, но Елена очень гордится своей независимостью. Первое, что она делает — навсегда отказывается от имени, данного ей при крещении. С этой минуты она только Гала — с ударением на последнем слоге, что придает домашнему имени новый, яркий и праздничный оттенок (Гала — по-французски «торжество, празднество», выражение «гала-концерт» вошло и в нашу речь).
Именно здесь, в Клаваделе, у Галы происходит знакомство с Эженом Эмилем Полем Гренделем, будущим великим поэтом Полем Элюаром, которое изменит ее жизнь навсегда…
Итак, в 1912 году в Клаваделе Гала знакомится с тихим французским юношей по имени Эжен Грендель — Жеженом, как ласково называет его матушка, «Женечкой». Эжен пишет стихи, но стесняется даже показать их кому-нибудь, а о том, чтобы опубликовать, боится и помыслить. Русская девушка с праздничным именем Гала становится для него первым читателем и критиком. Она требует отправить стихи в издательство, считая, что они вполне достойны публикации.
По слухам, Гала даже поставила своему юному другу условие: «Я стану твоей, когда выйдет твоя первая книга». В том, что книг будет много, Гала не сомневалась и, как всегда, оказалась права. В 1913 году выходит первая книга Эжена Гренделя, которая так и называется — «Первые стихотворения». Это единственная книга, вышедшая под настоящим именем автора.
Следующая, равно как и многие другие, будет подписана псевдонимом — одним из главных имен французской поэзии XX века: Поль Элюар.
Под воздействием любви или поэзии, но и Гала, и Эжен излечились от туберкулеза. Им надо было возвращаться домой, каждого ждала своя страна. Несмотря на возвышенные чувства, Эжен был склонен воспринимать происшедшее скорее как курортный роман, но Гала, напротив, была настроена решительно. «Я приеду к тебе», — обещала она своему возлюбленному, стоя на площадке уходящего поезда.
В 1916 году Гала едет в Париж, опять одна, через воюющую Европу. Вряд ли она подозревала, какие перемены вскоре потрясут ее родину, но возвращаться явно не собиралась. В Россию она больше не вернется никогда…
Эжен на фронте, работает в полевом госпитале, что не мешает ему писать стихи — в это время как раз выходит его второй сборник, изданный уже под именем Поля Элюара. В ожидании жениха Гала поселяется у его родителей. Вскоре он возвращается (не отказываясь от военной службы, но сменив ее на работу в Париже), и 21 февраля 1917 года влюбленные сочетаются добропорядочным католическим браком.
Долгое время Гала и Поль счастливы. В 1918 году рождается дочь Сесиль, но ее воспитанием занимается в основном французская бабушка. Гала наслаждается «роскошной жизнью», о которой так долго мечтала, — покупает себе наряды и шляпки, ходит в сопровождении мужа в театры и рестораны.
В это время Поль Элюар сближается с кругом поэтов и художников, в который входили Жан Полан, Тристан Тцара, Андре Бретон, Луи Арагон и Макс Эрнст, и вместе с ними основывает модернистское течение «дадаизм», позднее слившееся с сюрреализмом.
Долгое время Гала и Поль счастливы. В 1918 году рождается дочь Сесиль, но ее воспитанием занимается в основном французская бабушка. Гала наслаждается «роскошной жизнью», о которой так долго мечтала, — покупает себе наряды и шляпки, ходит в сопровождении мужа в театры и рестораны. В это время Поль Элюар сближается с кругом поэтов и художников, в который входили Жан Полан, Тристан Тцара, Андре Бретон, Луи Арагон и Макс Эрнст, и вместе с ними основывает модернистское течение «дадаизм», позднее слившееся с сюрреализмом.
В 1921 году Поль и Гала отправляются в Кёльн в гости к Максу Эрнсту, одному из столпов немецкого дадаизма, который особенно знаменит своими коллажами, и его жене. Вначале две молодые пары прекрасно проводят время вместе — разговоры об искусстве, долгие прогулки, горячие споры…
Но жене Эрнста всё чаще приходится оставаться дома с маленьким сыном (Сесиль Элюар, как всегда, гостит у бабушки), а прогулки втроем становятся всё более длительными. Во Францию они возвращаются втроем: Гала, Поль и Макс и не скрывают своих взаимоотношений. Такова эпоха — вспомним, что в то же самое время в молодом советском государстве существует не менее знаменитый любовный треугольник — Маяковский и чета Бриков, Лиля и Осип.
Прошло несколько лет, треугольник распался, и семейство Элюар продолжило свое с виду безоблачное существование. Знаменитая дубовая кровать, подаренная родителями Поля на свадьбу, играла в их жизни не последнюю роль — по некоторым косвенным намекам можно догадаться, что Элюар любил смелые эксперименты в этой области, и Гала с удовольствием откликалась на все его предложения. Однако вскоре он собственными руками вырыл яму своему счастью.
Летом 1929 года Поль и Гала вместе с дочерью (редкий случай!) едут в Испанию — отдохнуть и пообщаться с Сальвадором Дали. Элюар уже встречался с ним в Париже и пришел от художника и его работ в восторг, а теперь хотел познакомиться поближе и представить жену. Всю дорогу он донимал ее рассказами о том, какой прекрасный человек этот Дали, с которым они скоро встретятся. — будет позже вспоминать Гала.
Небольшой городок, а скорее, деревушка Кадакес, в которой жил Дали, расположена в Каталонии, недалеко от границы с Францией, но Элюар с семейством ехал в нанятом автомобиле, и Гала очень устала. Дали увидел свою будущую музу в тот момент, когда она только вышла из машины. Они поздоровались, обменялись несколькими фразами и разошлись — путешественники отправились в гостиницу отдыхать, договорившись с Дали встретиться завтра на пляже.
Всё следующее утро художник провел в приготовлениях к встрече. Надо сказать, он совсем не думал о Гала. Гораздо больше его мысли занимал сам Элюар — блестящий парижанин, знаменитый поэт. Дали хотел произвести на него впечатление, но понимал, что соперничать с Элюаром в блеске и славе ему не по силам. Что ж, тогда оставалось шокировать изысканную публику.
Дали изобрел «безумный утренний наряд», состоявший из разорванной рубашки и вывернутых наизнанку плавок, дополнил его «запахом козлиного помета», воткнул за ухо цветок герани — теперь он был готов! Он выглянул в окно — и все приготовления (к счастью для окружающих) пошли прахом. На пляже Дали увидел жену Элюара Гала и узнал в ней свою мечту, девочку из детских снов, женщину из одиноких ночных мечтаний.
Дали был поражен: как он мог не узнать Гала вчера с первого взгляда! Он быстро привел себя в порядок и вышел к гостям на берег, но заговорить с Гала не решался — как всегда в минуты сильного смущения, его охватывали приступы истерического хохота. К счастью, общие знакомые уже рассказали чете Элюар об особенностях художника, и они воспринимали его причуды спокойно. Гала пыталась серьезно разговаривать с ним о его картинах, задавала вопросы, и он отвечал, когда удавалось справиться с пароксизмами смеха.
«Я сразу поняла, что он гений», — скажет Гала позднее. Тогда же, обращаясь к Дали, она уверенно заявила: «Скоро вы будете таким, каким я хочу вас видеть».
После того, как всё между ними было решено, Гала и Дали были вынуждены ненадолго расстаться. Она возвращается в Париж, куда уже уехал Элюар, а Дали некоторое время наслаждается одиночеством, к которому так привык за долгие годы. Он работает над портретом Поля Элюара. В ноябре Дали едет в Париж, где должна открыться его выставка. Но, едва увидев Гала, забывает обо всем на свете. Воистину эта женщина умела кружить головы!
А что же Элюар? Он безропотно принял сложившуюся ситуацию, как принимал все поступки и решения своей жены. Единственное, что он себе позволяет, — длинные сентиментальные письма, которые продолжает писать много лет подряд. Он говорит о безнадежности, но в то же время в глубине души не оставляет надежды на возвращение жены.
В 1932 году они развелись официально. Элюар собирался жениться на танцовщице Марии Бенц по прозвищу Нуш, но этот поступок был продиктован, скорее всего, стремлением поэта освободиться от власти Гала над его душой. Стремлением явно безуспешным. Этого, разумеется, не произошло. В том же 1934 году, когда Элюар женится на Нуш, Гала и Дали тоже оформляют свои отношения -скромная церемония регистрации проходит в испанском консульстве в Париже. Обвенчаются они спустя почти четверть века, в 1958 году, через шесть лет после смерти Элюара. «Пока смерть не разлучит нас»…
В старости между Гала и Дали с виду царило такое же согласие, как и прежде, хотя на самом деле его уже не было и в помине. Гала неумолимо дряхлела, но желала по-прежнему оставаться молодой. Для этого она использовала все доступные в то время средства: кремы, пластические операции… и молодых любовников. Самый громкий ее роман был с молодым американским певцом Джеффом Фенхольдом, исполнителем главной роли в бродвейском спектакле «Иисус Христос — суперзвезда».
По возрасту Гала годилась ему в бабушки и столь же фанатично заботилась о нем: устраивала его карьеру, оплачивала огромные счета, покупала ему дома и студии звукозаписи. «Сальвадору всё равно, у каждого из нас своя жизнь», — заявляла она. И действительно, Дали был занят своими эротическими причудами — он устраивал живые картины, чтобы черпать в них вдохновение для своего творчества. Сотни молодых людей обоих полов позировали ему. Сам же Дали утверждал, что все они не имеют никакого отношения к той любви, которую он испытывает к Гала.
Оценив дарование своего возлюбленного, Гала развивает в Дали не только талант художника — по его воспоминаниям, она «с преданным и настойчивым упорством взялась убедить друзей-сюрреалистов, что я способен писать даже философские тексты, содержание которых обгоняло предвидение группы». Так, будучи впервые в Кадакесе и едва познакомившись с Дали, она собрала его отрывочные черновые заметки (которые он сам называет «непонятными»), взяла их с собой в Париж и переписала набело, придав им связную форму.
На основе этих заметок Дали издал «поэтический и теоретический сборник» под заголовком «Видимая Женщина» — и это, конечно, тоже была она, муза. «Гала, между прочими делами, должна была сражаться, чтобы мои идеи были хотя бы приняты к сведению самыми расположенными к нам друзьями», — пишет Дали. «Хотя бы приняты к сведению» самыми близкими людьми! Какую же работу надо было проделать, чтобы весь мир проникся этими идеями и поверил в них!
Свою совместную жизнь Гала и Дали начинали в маленькой лачуге в Порт-Льигате, поселке недалеко от Кадакеса, где жил Дали. Денег совсем не было, иногда приходилось чуть ли не голодать — во всяком случае, притчей во языцех стал персик, который влюбленным (тогда они еще не были официально женаты) приходилось делить пополам. Интересно, как бывшая русская девочка, выросшая в небогатой семье, учила своего возлюбленного поистине аристократическим принципам жизни и обращения с деньгами.
Создание подобной скорлупы вокруг Дали обошлось Гала нелегко: ей пришлось взять на себя не только бытовые проблемы, но и все заботы по добыванию денег. Когда они покинули Порт-Льигат и приехали в Париж, Гала каждый день, как на работу, уходила обивать пороги владельцев галерей, меценатов и предпринимателей, убеждая их в таланте Дали, уговаривая приобрести его картины или реализовать его технические проекты, чертежи которых носила с собой.
Сама она вела себя очень мужественно -после «красивой жизни» с Элюаром, театров, ресторанов и шикарных магазинов Гала начала сама шить себе платья, покупать на рынке дешевые продукты и готовить из них нехитрую еду. «Гала — единственный человек в мире, который мог помочь мне забыть провал -и страх — одной магией своего присутствия», -вспоминал Дали.
Наконец старания Гала увенчались успехом — у них появились деньги. Но даже когда один из меценатов выписал чек, деньги с трудом удалось получить — Дали вдруг овладела безумная идея, что служащий банка съест чек вместо того, чтобы выдать наличные. Гала стоило немалых трудов убедить Дали в абсурдности такого предположения и заставить протянуть чек в окошко. Когда появились деньги, Гала взяла на себя новый ежедневный труд — она создавала условия, необходимые для творчества Дали.
В дополнение ко всем этим великолепным наименованиям (прописными буквами их выделяет сам Дали), художник называет свою жену «единственной мифической женщиной нашего времени». На всех полотнах он ставит теперь подпись «Гала-Дали» и не устает повторять, что дает имя «главной правде» своего существования, ибо без его двойника Гала «Дали больше нет». «Самое главное на свете — это Гала и Дали. Потом идет один Дали. А на третьем месте- все остальные, разумеется, снова включая и нас двоих».
Гала занимает огромное место на картинах Дали. «Атомная Леда», «Тайная вечеря» (где в лике Христа угадываются черты лица Гала), «Мадонна Порт-Льигата», «Моя жена Гала, обнаженная, смотрит на свое тело», «Параноические превращения лица Гала», «»Ангелус» Гала», «Портрет Гала с двумя ребрышками ягненка, балансирующими на ее плече» — лишь самые известные из них.
Последняя картина вызвала горячие расспросы американских журналистов — откуда такое сочетание? «Я люблю свою жену и люблю отбивные, и не вижу причины, почему бы мне их не изобразить вместе», — не задумываясь ответил Дали. «А почему отбивные сырые?» — не унимались журналисты. «Потому что Гала тоже сырая, а не жареная», — логично ответил художник.
Теперь уже не надо было бегать по галереям и предлагать приобрести за бесценок картину Дали — состояние четы насчитывает миллионы долларов. При этом Дали настаивает на необыкновенной честности Гала в денежном вопросе.
Маленький домик в Порт-Льигате превратился в огромный лабиринт — К нему постоянно пристраивались всё новые и новые помещения, воплощавшие самые смелые дизайнерские замыслы пары Гала — Дали. К сожалению, здесь царит уже не такая идиллия, как прежде — к старости Гала стала совершенно невыносима, агрессивна и деспотична. Она потеряла всякий интерес к мужу, что привело его в состояние глубокой депрессии.
Погребение состоялось 11 июня 1982 года, на следующий день после смерти. Гала лежала в своем любимом красном бархатном костюме от Шанель, а гроб был накрыт прозрачной крышкой. Дали не хотел покидать жену даже теперь и остался в Пуболе. Здесь он пишет свою последнюю большую картину под названием «Три прославленных тайны Галы». На следующий год в Мадриде и Барселоне должны открыться две выставки художника, и он пишет предисловие к каталогу под названием «Божественная Гала»…
Рейтинг: 8,7 / 10 (1024 голосов) Дмитрий Дьяконов — биография, дата рождения, место рождения, фильмография, клипы. Читайте также о Стиве Бачиче. Вся информация о человеке: Дьяконов Дмитрий — биография, дата рождения, место рождения, фильмография . |
Елена Перельман , als Künstlerin Elena Nahum Leroy , (russisch Елена Перельман, wiss.Транслитерация Елена Перельман ; * в Ленинграде) ist eine russisch-kanadische Mathematikerin und Künstlerin.
Перельман работал как младший ученый-математик Григорий Яковлевич Перельман в Ленинграде, dem heutigen Sankt Petersburg, geboren. Из 1993 г. по 1998 г. Studierte sie Mathematik an der Staatlichen Universität Sankt Petersburg mit einem Master of Science-Abschluss. Anschließend forschte sie am Weizmann-Institut für Wissenschaften в Израиле, в 2004 г. после диссертации Энтони Джозефа промовьерте и мит дер Квантование гиперповерхностных орбитальных многообразий в простых алгебрах Ли классических типов .Война с 2005 по 2006 год. Пост-докторский научный сотрудник в Каролинишском институте в Стокгольме, им. Береха, биостатистике, аншлигентная проверка с 2009 года как Systementwicklerin. Parallel dazu besuchte sie von 2005 — 2009 die Surkoff Art School. 2009 zog sie nach Vancouver und eröffnete eine Kunstschule für Kinder und Erwachsene, die es sich als gemeinnützige Organization zum Ziel gesetzt hat, das Leben von durch Autismus und mentalische Störungen Betroffenen durch, Underzunst, Interactive.Sie war Autorin und Herausgeberin mehrerer Lehrbücher, die für Universitäten und Berufsbildungszentren gedruckt wurden, und war eine Expertin für Investmentfonds.
Поиск
Поиск Поиск
Расширенный поискЭтот сайт использует файлы cookie для повышения производительности.Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.
Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:
Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.
Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.
Как правило, в файле cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.
Исследовательская группа по вирусологии и фитоплазматологии растений, Институт исследований сельскохозяйственных культур, 16106 Прага, Чехия
Переписка: Петр Коминек — kominek @ vurv.cz
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : P5
Предпосылки Виромы фруктовых деревьев, овощей, виноградной лозы и декоративных растений были изучены с использованием высокопроизводительного секвенирования.
Материалы и методы Общая РНК была выделена из листьев растений, рибосомная РНК была удалена и были подготовлены библиотеки для технологии Illumina. Секвенирование выполняли на машинах MiSeq и NovaSeq, всегда для 2 × 150 н.
Данные обрабатывались с помощью Geneious и CLC Genomics Workbench, конвейер включал удаление повторяющихся чтений, сборку de novo, поиск контигов с помощью TBLASTX для вирусов растений с использованием локальной базы данных.Затем чтения были сопоставлены с контигами, был рассчитан охват. В случае новых вирусов сопоставленные чтения проверялись с помощью BLAST. Выравнивание вирусных последовательностей с относительными вирусами проводили с помощью MUSCLE. Модели наиболее подходящих нуклеотидных и аминокислотных замен для каждого выравнивания и последующий филогенетический анализ были выполнены с помощью MEGA7 [1].
Результаты В проанализированных образцах было идентифицировано несколько вирусов: шесть вирусов и два вироида в виноградной лозе; два вируса на фруктовых деревьях; 11 вирусов, включая четыре новых вируса в декоративных растениях.
Был описан новый представитель рода Potyvirus , семейства Potyviridae (одноцепочечный положительный геном РНК), названный вирусом разрушения цветков Pleione , заражающий орхидеи Pleione [2].
Новый член семейства Kitaviridae (геном с одноцепочечной положительной РНК) был обнаружен у орхидей Vanilla и Eria , предварительно названных ваниль-ассоциированным китавирусом. Филогенетический анализ подтвердил его принадлежность к семейству Kitaviridae .Вирус ветвился отдельно от признанных родов семейства, его принадлежность к роду не установлена.
Новый член семейства Phenuiviridae (геном с одноцепочечной отрицательной РНК) был обнаружен у орхидей Neotinea , предварительное название Neotinea-associated coguvirus.
Новый член семейства Chrysoviridae (геном двухцепочечной РНК) был обнаружен у орхидей Restrepia , предварительное название Restrepia-associated alphachrysovirus.
Выводы Интуитивно понятные инструменты для анализа данных высокопроизводительного секвенирования, такие как Geneious и CLC Genomics Workbench, были успешно использованы для обработки больших наборов данных, полученных с секвенсоров Illumina. Были собраны и аннотированы геномы четырех новых вирусов декоративных растений.
Финансирование
Работа поддержана институциональной поддержкой MZE-RO0418 Министерства сельского хозяйства Чешской Республики.
Список литературы
Кумар С., Стечер Г., Тамура К. MEGA7: Молекулярно-эволюционный генетический анализ версии 7.0 для больших наборов данных. Mol Biol Evol. 2016; 33: 1870–1874.
Komínek P, Massart S, Pham K, van Leeuwen P, Komínková M.Характеристика нового вируса, поражающего орхидеи рода Pleione. Virus Res. 2019; 261: 56–59.
Самолет считается. Аварии на дорогах случаются гораздо чаще, чем авиакатастрофы. Однако авиакатастрофы более масштабны. В них умирают десятки, а потом и сотни людей. Подтверждением тому является статистика авиакатастроф в России.
За последние 10 лет авиация произошла по разным причинам. Примерно в 80% случаев причиной крушения стал человеческий фактор. Ошибки допускали либо члены экипажа, либо наземные службы.
Статистика авиакатастроф в России за 10 лет печальная. За этот период произошло несколько крупных авиакатастроф, погибли и взрослые, и дети. Одно из них произошло 9 июля 2006 года.В этот день лайнер Airbus A310-324 авиакомпании «Сибирь» совершил пассажирский рейс из Москвы в Иркутск.
Самолет часто прилетал к месту назначения и начинал приземляться. На взлетно-посадочной полосе почему-то не могло остановиться. Самолет на огромной скорости выкатился за пределы взлетно-посадочной полосы и врезался в бетонный забор.
В результате столкновения обрушился корпус авиалайнера. В салоне начался пожар. Часть людей выжила благодаря действиям экипажа. Если бы кондукторы не предприняли необходимых мер, статистика авиакатастроф в России была бы страшнее.
Одним из отважных членов экипажа был Андрей Дьяконов. Ради спасения людей молодой бортпроводник выбил дверь в самолет. Сам Андрей Дьяконов выбраться из горящего салона не успел. Он до последнего момента отпускал пассажиров.
Героический подвиг совершила Виктория Зильберштейн, управляющая стюардессой. Девушка из-за столкновения самолета с бетонным забором оказалась под корнем чемоданов и стульев. Отправившись из-под него, стюардесса начала переходить вброд в сторону аварийного выхода.Она открыла люк и начала выпускать людей. Потом вышла и сама.
Статистика авиакатастроф в Российской Федерации свидетельствует о том, что одна из крупномасштабных авиакатастроф произошла утром 22 августа 2006 г. Самолет Ту-154м, принадлежащий российской компании Пулково, вылетевшим из пункта назначения был Санкт-Петербург. На борту находились 10 членов экипажа и 160 пассажиров. Среди летавших этим рейсом 45 детей.
Пролетая над Донецкой областью, самолет столкнулся с неблагоприятными погодными условиями — грозой и сильным градом. Экипаж, предприняв попытки выбраться из сложных метеоров, допустил фатальную ошибку. Самолет начал стремительно терять высоту, а затем разбился, врезавшись в склон оврага. Все находившиеся на борту люди погибли.
После катастрофы было проведено расследование. Статистика авиакатастроф в России показывает, что авиалайнеры часто падают из-за каких-то проблем, которых не видит экипаж.В данном случае причиной трагедии стали ошибки пилотов.
Осенью статистика авиакатастроф в России пополнилась очередной трагедией. В ночь на 14 сентября из московского аэропорта Шереметьево вылетел самолет российской авиакомпании «Аэрофлот-Норд» — Боинг 737-505. Пассажирский рейс совершился в Перми. Полет прошел успешно, но при приближении к приземлению произошла трагедия. Лайнер разбился не в нескольких километрах от аэропорта.
На борту судьбоносного рейса находились 6 членов экипажа и 82 пассажира. В авиакатастрофе никому не суждено было выжить. Среди погибших 7 детей. Расследование, проведенное после трагедии, показало, что самолет полностью исправен. Произошло это из-за ошибок членов экипажа.
Возможно, фатальную роль сыграла усталость пилотов. Они совершили несколько перелетов до трагического полета и не успели расслабиться. Один из пилотов находился в состоянии алкогольного опьянения.Это подтвердила судебно-медицинская экспертиза.
Статистика крушения пассажирского самолета в России включает событие, произошедшее вечером 17 ноября 2013 года. Из Домодедово в Казань вылетел самолет авиакомпании Татарстан — Boeing 737-500. Билет на злополучный рейс приобрели 44 человека. На борту также находились 6 членов экипажа.
Катастрофа произошла при входе. Самолет врезался в землю и разбился.Все люди в самолете погибли. Причина падения была заказана членами экипажа. Возможно, пилоты не были профессионально подготовлены. Следствие подозревало, что погибший командир воздушного судна незаконно получил показания пилота коммерческой авиации.
Террористический акт — одна из причин крушения самолета в России. Статистика показывает, что в 2015 году в нашей стране произошла самая крупная катастрофа из-за действий боевиков — разбился авиакластер Airbus A321.Самолет вылетел 31 октября из Шарм-эль-Шейха в сторону Санкт-Петербурга. Однако приземлению не суждено было случиться.
Через 23 минуты после вылета из египетского аэропорта была потеряна радиосвязь с вагоном лайнера. Позже выяснилось, что самолет разбился на Синайском полуострове. На борту находились 217 пассажиров и 7 членов экипажа. В авиакатастрофе никто не выжил. Среди погибших было 25 детей. Самому маленькому пассажиру, ставшему символом трагедии, было всего 10 месяцев.
Самолет был создан за 18,5 лет до авиакатастрофы. В дни крушения авиалайнер эксплуатировался российским ООО «Когалымавиа». После инцидента было выдвинуто несколько версий причины трагедии. Многие считали, что авиакатастрофа произошла по вине специалистов «Когалымавиа», которые не обслужили самолет должным образом. Расследование показало, что обрушение произошло в результате террористического акта.
В России зарегистрировано несколько десятков авиаперевозчиков: «Глобус», «Победа», Dexter, Когалымавиа (Metrojet) и другие.Чтобы определить надежность того или иного, компания оценивается по различным критериям. Главный из них — техническая безопасность самолетов, ведь часто авиакатастрофы происходят из-за поломок.
Европейское агентство по авиационной безопасности составило рейтинг самых надежных авиаперевозчиков, работающих на территории Российской Федерации. В тройку лидеров вошли такие компании, как Уральские авиалинии, S7 Airlines и Аэрофлот.
Названная компания считается самой надежной и безопасной в России.Выполняет регулярные рейсы в разные точки мира более 20 лет. За этот период крупных авиакатастроф в России не было. Статистика у авиаперевозчика очень хорошая.
Известно лишь о нескольких несчастных случаях. Все происшествия связаны со злоумышленниками. Командиры самолетов при обнаружении неисправностей при совершении вынужденных посадок. Surrence и жертв никогда не было.
Второе место в списке самых безопасных компаний занимает S7 Airlines (Сибирь).История этого авиаперевозчика берет начало в 1957 году, когда был создан Толмачевский объединенный авиационный округ. На его базе в 1992 году была создана авиакомпания под названием «Сибирь». В 2006 году произошла смена бренда. Авиаперевозчик стал называться S7 Airlines.
В истории компании есть авиакатастрофа в России. Статистика полетов S7 Airlines следующая:
Статистика авиакатастроф авиакомпаний России показывает, что еще одним безопасным авиаперевозчиком является Аэрофлот. Он занимает третье место в рейтинге. Аэрофлот был основан в 1923 году. При распаде СССР от него отделились многие небольшие авиаперевозчики. В 1992 году была создана компания «Аэрофлот — Международные авиалинии России». С этого момента начинается современная история компании.
Сейчас Аэрофлот — крупнейший авиаперевозчик России.Выполняет международные и внутренние рейсы. За период с 1992 года по настоящее время произошло 4 авиакатастрофы, унесшие жизни людей. Также известно о 5 несчастных случаях без жертв.
Самая известная авиакатастрофа — трагедия, случившаяся при Междуреченском. Новости о ней разлетелись по миру. Весной 1994 года из Москвы в Гонконг разбился пассажирский самолет. Крушение произошло по вине командира самолета. Мужчину посадили за руль своего 15-летнего сына.75 человек погибли.
Какая статистика авиакатастроф в России — вопрос, который возникает у многих людей, решивших уехать за границу или в другой город родной страны. Опираясь на имеющуюся информацию, можно сделать вывод, что крупные авиакатастрофы случаются редко, ведь каждый день выполняется огромное количество рейсов.
С первых шагов развития авиации авиаконструкторы уделяли внимание не только аэродинамическим качествам самолета, но и безопасности экипажа и пассажиров.И безопасность пассажирского самолета нужна. Наверняка многие задавались вопросом, опасно ли летать на самолетах, ведь каждый год мы слышим сообщения об авиационных трагедиях. Крушение самолета может быть вызвано разными причинами, от простой технической неисправности до пресловутого человеческого фактора. Рассмотрим самые крупные авиакатастрофы за последние 10 лет, а также немного глубже в истории, освежая самые ужасные авиакатастрофы в мире.
5 мая 2019 года самолет авиакомпании Аэрофлот Sukhoi Superjet 100, выполнивший рейс Москва — Мурманск, совершил вынужденную посадку в московском аэропорту «Шереметьево», в результате чего загорелся. И хотя эвакуация пассажиров прошла довольно быстро, жертв избежать не удалось. По последним данным Следственного комитета России, в результате катастрофы погиб 41 человек, в том числе двое детей.
Многочисленные видеозаписи этой трагедии, в том числе даже видео из салона горящего лайнера, можно найти во многих социальных сетях.
Транспортный самолет ВС России потерпел крушение 6 марта 2018 г. в 500 м от взлетно-посадочной полосы сирийской военной базы Хмеймим, где базировалась Авиационная группа Российской Федерации.
В салоне Ан-26 летели тридцать три пассажира и шесть членов экипажа, и, к сожалению, в результате авиакатастрофы никто из них не выжил. В Минобороны РФ подтвердили, что на боевой машине летали только военнослужащие, среди которых было 26 офицеров, в том числе генерал-майор и «Подрядчик».
В предварительной версии транспортника заявлена техническая неисправность самолета.
Нередки случаи, когда с новой техникой случаются аварии. Так, 11 февраля 2018 года в Подмосковье потерпел крушение самолет Ан-148 авиакомпании «Саратовские авиалинии», выполнявший рейс Москва-Орск. Самолет прошел все предполагаемые испытания, корабль сошел с конвейера в 2010 году, т.е. был относительно новым.
Точная причина аварии до сих пор установлена, но по предварительным данным винт датчика полного давления, в результате чего экипаж получил неверные данные о высоте судна. 71 человек стал жертвой этой катастрофы.
Крушение российских самолетов, к сожалению, стало довольно частым. Так, авиалайнер Ту-154 ВС РФ вылетел из аэропорта Сочи в Латакию.Через 1 минуту 10 секунд самолет, по данным самописцев, рухнул в Черное море. Девяносто два человека, летевшие этим рейсом в Сирию, погибли.
В авиакатастрофе под Сочи погибли артисты ансамбля Александрова, военные, общественные деятели, сотрудники российских телекомпаний, двенадцать членов экипажа.
Два года спустя причины официально не разглашаются, но Минобороны РФ выдвигает версию ошибки пилота.
Эта трагедия произошла, вероятно, по ошибке экипажа, который в экстремальных погодных условиях принял неверное решение. Boeing 737-800 (8kN) выполнил рейс Дубай — Ростов-на-Дону, столкнувшись с самолетом с первого раза. Выполняя вторую попытку приземления, пилоты совершили противоречивые действия, приведшие к резкому падению самолета.
Лайнер пролетел над аэропортом самолета и разбился, унеся с собой 62 человеческих жизни.
Самое страшное не застрахован на земле от авиакатастрофы. 30 июня 2015 года военно-транспортный самолет C-130 ВВС Индонезии после нескольких минут полета упал на жилые дома в городе Мед.
Официально заявлено, что погибло 37 человек. Двенадцать на борту транспортника и двадцать пять гостей отеля, на которых упали обломки самолета.
Следствие установило, что основной причиной столь неожиданного падения стала техническая неисправность.Фактов о том, что на самолет сработало взрывное устройство, не было обнаружено, хотя многие, кто видел момент крушения, говорили о взрыве.
К сожалению, атаки на авиакомпании стали довольно распространенным явлением. Произошло это с российским авиалайнером Airobus A320 31 октября 2015 года. Страшная трагедия над Синаем, жизнь 224 человек, летевших из Шарм-Аш-Шейха в Санкт-Петербург.
Расследование, проведенное совместно российскими и египетскими спецслужбами, показало, что на борту взорвалась бомба, и крушение было расценено как террористический акт.После этого Россия закрыла полеты в Египет.
Самодельное взрывное устройство находилось в хвосте аэробуса и взорвалось на 23-й минуте полета. Ответственность за теракт через несколько дней несет Синайское подразделение ИГИЛ.
В этой авиакатастрофе, а об этом уже известно, виноват только один человек — пилот аэробуса А-320 немецкой компании Лостер «Germanwings» влюбленные Андреас. Он специально послал лайнер, летевший из Испании в Дюссельдорф, вниз, тем самым покончив с собой из-за ссоры со своей девушкой.
Трагедия, произошедшая 24 марта 2015 года среди горных вершин Французских Альп, унесла жизни 150 человек. Здесь есть человеческий фактор. Как мог человек, который лечился от депрессии и врачи, знал, что парень склонен к самоубийству?
Хуже всего и то, что по документам Андреаса в тот злополучный день была больница, и не было права сесть за штурвал аэробуса.
В небе над Донецком 17 июля 2014 года в районе села Грабово потерпел крушение Боинг 777 малазийских авиалиний, в результате которого погибли 297 человек.
С первых часов выяснилось, что самолет, летевший из Амстердама в Куала-Лумпур, был сбит, так как его маршрут пролегал над территорией, где велись боевые действия. И вопрос к украинской стороне, почему этот район не был закрыт для полетов гражданской авиации.
В 2017 году комиссия, расследующая причины крушения, заявила, что самолет был сбит. Но окончательные результаты так и не обнародовали, и сегодня это самая резонансная трагедия в истории авиации, поскольку следствие так и не установило, кто сбил самолет в небе над Донбассом.
В истории авиации известны случаи загадочных исчезновений самолетов. Еще одна трагедия, произошедшая с Malaysia Airlines. 8 марта 2014 года лайнер, следовавший из столицы Малайзии Куала-Лумпур в Пекин, пропал с радаром над южнокорейским морем.
Диспетчер пытался установить связь с «Боингом 777-200ЭР», но безуспешно. В ходе масштабной поисковой операции падения самолета или его обломков не обнаружено.Не удалось установить и причины исчезновения.
Выдвигалась версия, что самолет, на борту которого находилось 239 человек, был угнан с целью совершения террористического акта. Возможно, это был терроризм, но взрыв в самолете не зафиксирован.
В воскресенье 28 декабря 2014 года авиалайнер индонезийской компании «Индонезия Айраси» пропал с радаром над Яванским морем.
Как позже выяснило следствие, летчики пытались обойти Грозовой фронт.Самолет рухнул в море, а его фрагменты были обнаружены через 2 дня после начала поисков.
Причиной катастрофы, в результате которой погибли 162 человека, следственная комиссия назвала погодный фактор, а также неквалифицированные действия пилотов в момент возникновения чрезвычайной опасности.
Статистика показывает, что больше всего катастроф происходит при посадке. Это произошло с самолетом «Боинг-737» авиакомпании Татарстан, который разбился при посадке в аэропорту Казани 17 ноября 2013 года.
Следствие пришло к выводу, что причиной крушения Боинга стала ошибка пилотов. Именно их неправильные действия привели к потере скорости, в результате чего самолет ушел в пик.
Все 50 человек, вылетевших из Домодедово в Казань, погибли. Как всегда, в таких случаях родственнику выплачивалась компенсация от авиакомпании и государства.
Самолет Utair с 43 пассажирами на борту выполнил рейс в тюменском аэропорту Рощино.В тот день, 2 апреля 2012 г., стояли крайне неблагоприятные погодные условия.
В результате обледенения, как сообщает следственная комиссия, самолет упал и разбился. 33 человека погибли.
Следствие также установило, что причиной трагедии, помимо погодных условий, стала ошибка пилотов самолета, принявших неверное решение.
Самолет MD-83 нигерийской компании Dana Airs 3 июня 2012 г. совершил коммерческий рейс из аэропорта Абужи в город Лагос.
При аренде в аэропорт назначения у автомобиля отказали два двигателя, в результате чего он рухнул на жилые кварталы и загорелся. Всего на борту 153 человека погибли.
Но количество погибших в разрушенных домах колеблется от 30 до 60 человек. При падении MD-83 были разрушены не только жилые дома, но и типография, а также церковь.
Незаконные действия экипажа в критической ситуации сложных метеоусловий привели к крушению Ту-134 20 июня 2011 года в районе города Петрозаводска.
ЛайнерРусарера при малой облачности и сгустился над аэродромным туманом, при входе на посадку на посадку, верхушки деревьев и упали.
Survive удалось только 5 пассажирам из 52 человек, которые находились на борту самолета. 44 человека погибли на месте, а затем в больнице скончались 3 человека, получившие травмы и ожоги в результате аварии.
Очередная резонансная трагедия, поток которой звучит сегодня, произошла 10 апреля 2010 года в небе под Смоленским.Ту-154, принадлежавший Вооруженным силам Польши, потерпел крушение при приземлении.
На этом борту президент Польши Лех Качинский прилетел на церемонию памяти жертв Катыни, а также все высшее командование европейской страны. Экипаж сообщил диспетчеру о сильном тумане, но польские летчики решили сесть в Смоленске.
Неправильно оценив ситуацию, пилоты резко снизили лайнер, зацепили деревья, что в итоге и привело к аварии.Все 96 человек, находившиеся на борту лайнера, погибли.
Airbus A321-231 Пакистанская коммерческая авиакомпания выполнила внутренний рейс с 146 пассажирами на борту.
Примерно в 9.43 по местному времени 28 июля 2010 г. рейс ED202, уже выполнявший приказ в аэропорт Исламабада, пропал со всех радаров. На все вопросы диспетчеров судно отвечало полной тишиной. Как выяснилось, самолет врезался в гору в 20 км от аэропорта, и на месте крушения произошел пожар.
Ни один из пассажиров, в том числе 12 членов экипажа пакистанского авиалайнера, не погиб. Следствие установило, что причиной крушения стали ошибочные действия пилотов и диспетчеров.
Есть в истории авиационные происшествия и такой инцидент, как перекатывание взлетно-посадочной полосы. 22 мая 2010 года Боинг-737 при посадке в аэропорту индийского города Мангалур выкатился из полосы.
Трагедий удалось избежать, но лайнер загорелся, в результате чего погибли 158 человек.Шестерым удалось выжить в этой страшной катастрофе. Большое количество пострадавших объясняется тем, что при аварии были повреждены эвакуационные выходы.
Как выяснила следственная комиссия, причиной поворота самолета стала ошибка командира самолета, который после посадки самолета попытался перейти на второй виток. Инженеры внимательно осмотрели обломки сгоревшего лайнера, и им удалось установить, что рычаги регулировки скорости лайнера были переведены в положение максимальной скорости.
Ту-154, находящийся в эксплуатации иранской компании «Caspian Airlines», 15 июля 2009 года вылетел из столицы Ирана в Ереван. Примерно на второй минуте взлета самолет загорелся, и экипаж начал резко менять курс.
В результате, потеряв скорость через три минуты с момента начала возгорания, самолет потерпел крушение в чистом поле. Ни у кого из тех, кто находился на борту, не было шансов выжить, так как самолет просто развалился и загорелся.
Причиной трагедии, унесшей жизни 168 человек, стали технические неполадки в двигателе левого авиалайнера. Именно его отказ привел к снижению скорости, резкому падению лайнера.
Аналогичная трагедия произошла и в небе над Черным морем, когда самолет Ту-154 авиакомпании «Сибирь», поднявшийся 4 октября 2001 года по маршруту Тель-Авив — Новосибирск, был сбит ракетой.
На Крымском полигоне украинские военные проводили учения, отработали стартовые пуски, и небо не было закрыто для полетов.Все пассажиры и члены экипажа российского лайнера погибли.
Следствие подтвердило, что самолет был сбит, но украинская сторона этот факт отрицает. Родственники 78 погибших граждан России ни чего не выплатили компенсацию, но официальных извинений пока не принесли.
Трагические события произошли летом 1988 года над Персидским заливом в воздушном пространстве. Aerobus A300, летевший из Тегерана в Дубай, был сбит ракетой, выпущенной с американского крейсера «Винсенн».
Командир корабля неправильно определил цель, приняв ее за выпущенную ракету. В результате погибли 290 пассажиров.
Взрыв самолета произошел над водой, потому что шансов уцелеть возле летящего у лайнера практически не было. Власти США не признали своей ошибки, но через некоторое время, чтобы избежать международного скандала, выплатили компенсацию родственникам погибших.
Самая крупная катастрофа в истории гражданских авиаперевозок США произошла в 1979 году.У лайнера, летевшего из Чикаго, отказал двигатель.
Лайнер продолжил полет, но неисправный двигатель, не вызывая нагрузок, откололся. Неисправность возникла из-за некачественной установки после ремонта. Его обломки повредили крыло, что привело к аварии. Пилоты надеялись совершить аварийную посадку, но не успели вывести лайнер аэропорта.
Число погибших составило 273 человека, то есть все, кто находился на борту в момент трагедии.
А про самую читаемую нашу статью на сайте.
Самая крупная катастрофа, произошедшая в 1977 году с двумя самолетами, считается трагедией на испанском Тенерифе, но произошла она не на небесах, а на взлетно-посадочной полосе.
В результате неразберихи произошло жуткое столкновение двух аэробусов в момент их разгона. Два Boeing 747, принадлежавшие авиационным компаниям США и Голландии, были перенаправлены на Тенерифе из-за теракта в городе Гран-Канария.
Подобные аварии самолетов случаются редко, но на этот раз диспетчеры вывели два самолета на «взлет», где и встретились. В обоих самолетах погибли 583 человека, и только 61 пассажиру с двух столкнувшихся лайнеров удалось выжить.
Каждые 2-3 секунды кто-то приземляется или взлетает. Одни радуются, другие боятся. Стоит ли поддаваться? Ответ даст статистика: как часто падают самолеты, где это происходит и насколько велика вероятность падения.
Ежедневно в небо взмывает около 100 тысяч самолетов, и, как ни странно, столько же успешно садится.За год на самолетах перевозится около 4,5 миллиарда человек, это более половины населения Земли. Как вы думаете, сколько из них составляют статистику погибших в авиакатастрофе? Не более 1000 в год. Соотношение впечатляющее, правда?
За все время существования гражданской авиации (почти 100 лет) погибло менее 150 тысяч человек. Это меньше, чем процент несчастных случаев в месяц во всем мире.
По данным Википедии, за последние 6 лет произошло 107 авиакатастроф со смертельным исходом, в которых погибло 3245 человек.В год около 540 жертв. Важно уточнить, что в статистике учитываются как коммерческие лайнеры, так и частные малые самолеты, а количество погибших указывается с учетом погибших на Земле. То есть, если упавший самолет протаранил автобус с 10 пассажирами, то они тоже учитываются в статистике. Поэтому реальное количество авиакатастроф пассажирских самолетов значительно меньше.
2010 год : 14 аварий, в которых погибло 792 человека.Самая масштабная трагедия — неудачная посадка индийского LouroSter на Boeing 737 (158 жертв) и падение польского Ту-154 под Смоленском (96 погибших).
2011 Прошло без громких падений самолета. Самыми крупными жертвами (77 человек) стали 727 иранских Боингов, которые не удалось прикрепить из-за плохих метеоусловий. Всего было зафиксировано 45 авиакатастроф, в которых погибли 552 человека. Как видно из статистики, в основном это были легкие самолеты, на борту которых находилось не более 10 человек.
год 2012 г. : 23 несчастных случая, 315 погибших. Самый тяжелый случай — падение пакистанского Boeing 737, в результате которого погибли все находившиеся на его борту (127 человек).
год 2013 Было относительно спокойно: авиакатастроф всего 5, общее количество пострадавших составляет 128 человек. 50 из них погибли в Boeing 737, разбившемся под Казанью.
год 2014 Сильно испорченная статистика по авиакомпаниям: 15 аварий, с общим количеством пострадавших — 980 человек.Самый крупный инцидент — сбитый над Украиной Boeing 777, на борту которого находилось 298 человек.
2015 год Голая 478 человек погибло всего в 5 авиакатастрофах. Самый громкий — российский Airbus A321, упавший в результате теракта, жертвами которого стали 224 человека.
2016 год Мне запомнилось крушение Ту-154 Минобороны России, в результате которого погибли 100 человек (92 пассажира и 8 членов экипажа. Всего за 12 месяцев авиатранспортом был причина смерти 389 человек.
2017 год Он вошел в историю как самое безопасное существование гражданской авиации. Всего за 12 месяцев умерло 67 человек.
Если брать во внимание исключительно пассажирские авиаперевозки, то ярко выраженный «Бермудский треугольник», в котором чаще всего падают самолеты. Но если взять статистику по авиатранспорту, результат будет несколько неожиданным.
За те же 6 лет произошла локальная авария… в России — 41, количество погибших — 559 человек. За тот же период в США произошло 11 аэродромов. Интересно отметить, что последнее было еще в 2013 году. Далее следуют Украина (7 катастроф), Конго (6) и Германия (4, все в 2010 году).
В целом цифры очень обнадеживающие. Узнав по статистике, как часто падают самолеты, мы надеемся, что вы будете чувствовать себя увереннее в полете.
Очень типично для российской авиации — падение украинских ракет? Вы уже пронумеровали?
К богохульству, упоминание об украинской ракете после таких событий:
1 Малайзийский Боинг, сбитый буком (отчет прокуратуры Нидерландов доказывает, что это неопровержимо)
2 В ночь на июнь 14 ноября 2014 года военно-транспортный самолет ВВС Украины Ил-76 был сбит выстрелом из зенитного ракетного комплекса и длинной очереди из крупнокалиберного пулемета при приземлении на аэродроме в Луганске.На борту Ил-76 находились 40 украинских военнослужащих и 9 членов экипажа. Все они погибли. Этот подвиг отметили вагнеровцев, на тот момент находились в Украине. У украинских спецслужб есть документальная информация о том, что части «вагнеровцев» практически ежедневно летом 2014 года обстреливали Луганский аэропорт.
А если вспомнить историю?
1 сентября 1983 года в небе над Тихим океаном произошла трагедия, которую некоторые российские источники до сих пор называют «происшествием»: истребитель советской ПВО убил южнокорейский гражданский авиалайнер, нарушивший СССР. граница.Все находившиеся на борту 269 человек, в том числе 23 ребенка, погибли.
Катастрофа Боинга 707 в Кареле iI
Сейчас все ходят слухами о катастрофе малазийского Боинга над Донбассом. Менее известна, но тем не менее известная о ней история о том, как 1 сентября 1983 года на советском Дальнем Востоке был сбит южнокорейский Boeing. Оказывается, это не первый южнокорейский Boeing Boeing Distahn над Советским Союзом. . Был еще один.
20 апреля 1978 г. в районе Кольского полуострова над территорией СССР был сбит еще один южнокорейский Boeing 707, летевший по маршруту Париж — Анкоридж — Сеул
20 апреля 1978 г. в районе Кольского полуострова. границу СССР пересек пассажир-707-321b (HL7429) авиакомпании Korean Air Lines (KAL), отклоненный от маршрута 902 — Париж-Анкоридж-Сеул.
Корейский Боинг продолжал лететь курсом на Североморск. Дмитрий Царьков, который в 1978 году занимал должность командира 21-го корпуса ПВО СССР, подчиняется Владимиру Дмитриеву, занимавшему должность командующего 10-й армией ПВО СССР, которую ПВО готова сбить. злоумышленник. Дмитриев не дал разрешения, сказав, что мы можем сбить ваш самолет, точная принадлежность самолета пока не выясняется. Нарушитель передвигался со скоростью 15 километров в минуту (900 км / ч).В это время нарушитель перемещается за границу СССР. В небо поднялись истребители.
Самолет был обнаружен РЛС советской системы ПВО и первоначально идентифицирован как Боинг-747. Зенитный ракетный комплекс был представлен в боевой готовности. На перехват был отправлен истребитель СУ-15ТМ («ФЛЕГОН-Ф») под управлением капитана А. Босова.
По показаниям капитана китайского авиалайнера Чан Ки, перехватчик приблизился к его самолету с правой стороны (а не с левой, как того требуют правила Международной организации гражданской авиации — ICAO).Капитан утверждает, что снизил скорость и зажег навигационные огни, обозначая готовность следовать за советским истребителем для посадки. Попытки капитана Ким Чан Ки связаться с пилотом перехватчика с частотой 121,5 были зафиксированы диспетчерской вышкой в Рованиеми, Финляндия. По официальному утверждению советской стороны, лайнер уклоняется от выполнения требования о посадке. Когда пилот перехватчика сообщил, что нарушитель действительно не 747-й, а 707-й Боинг, командование решило, что это самолет радиоэлектронной разведки RC-135 (произведен на базе лайнера Боинг-707) и отдало приказ уничтожить цели.
По данным американского радиооператора, пилот перехватчика несколько минут пытался убедить команду отменить приказ, что я увидел на лайнере в эмблеме авиакомпании кал и надписи иероглифами Однако после подтверждения По приказу, на Лайнера были выпущены две ракеты П-60. Первый из них прошел мимо цели, а второй взорвался, оторвав часть левого крыла, вызвав разгерметизацию самолета и убив осколками двух пассажиров.
Из-за разгерметизации салона лайнер начал аварийное снижение и исчез с экранов радаров советской системы ПВО. Пилот перехватчика также потерял в облаках поврежденный лайнер.
В течение следующего часа аварийный рейс 902 на малой высоте пролетел через весь Кольский полуостров в поисках места для вынужденной посадки и после нескольких неудачных попыток приземлился в сумрачных сумерках на льду озера Корпиярви, уже на территории Карелии.Все это время ПВО не располагало никакой информацией о судьбе и местонахождении самолета.
СССР отказался сотрудничать в расследовании этого инцидента с международными экспертами и не предоставил данные из черного ящика, изъятого у самолета. Сам самолет разобрали и отправили на экспорт по частям. Корейская авиакомпания отказала ему в оплате эвакуации самолета. 95 пассажиров были доставлены в Кемь, а затем в аэропорт Мурманска. 23 апреля 1978 года представители Генконсульства США в Ленинграде и Pan-Amerikan Airlines были переведены в Хельсинки.Летчик СУ-15 капитан А. Босов за выполнение боевого задания награжден орденом Красной Звезды.
Пилот Boeing Commander Pilot — высший класс. Ли Чанг Хью, бывший военный летчик, сумел посадить небольшой управляемый 200-тонный автомобиль на замерзшем озере. Это спасло жизни остальных пассажиров. Позже был допросен командир «Боинга». Он сказал, что воевал летчиком-истребителем во Вьетнаме. Закончил боевые действия в звании полковника. Затем 10 лет проработал в гражданской авиакомпании, и стаж полетов на рейсе 902 тоже 10 лет.С этим экипажем летит 7 лет. Экстремальный полет перед этим рейсом по данному маршруту был неделю назад. Погода во время полета была хорошей. На вопрос, как вас можно было разыскать с курса, командир ответил, что якобы отказало навигационное оборудование.
Много лет спустя на основе рассекреченных данных черных ящиков была опубликована карта полета рейса 902, на которой видно, что самолет, проезжающий площадку Амстердам-Анкоридж, вскоре после достижения Исландии начал плавный широкий поворот направо.Этот поворот был слишком плавным, чтобы его можно было произвести вручную, и Объяснение этому может заключаться только в неисправности навигационного оборудования.
Многие люди испытывают страх перед полетом на воздушном транспорте, а это средство передвижения — самое быстрое и удобное.
Рассмотрим, а что чувствует человек при падении самолета. Мы можем получить наиболее достоверную информацию о подробных переживаниях от людей, испытавших этот опыт на себе.
Каждая авария является результатом действия нескольких причин, главная из которых человеческий фактор .То есть по традиции за причину падения авиатранспорта обычно делают ошибку, допущенную экипажем.
Еще одна частая причина — авиационный терроризм Что встречается гораздо реже. Рассмотрим статистические данные по этому поводу:
Основной причиной происшествий является человеческий фактор.
Наиболее частые ошибки сотрудников воздушного транспорта:
Чаще всего аварии происходят при взлете или посадке самолета. При этом транспортное средство находится в управляемом управлении, но теряет пространственную ориентацию.
Как показали научные исследования, в случае перегрузки транспортного средства человек вряд ли четко запомнит события. Это связано с повышенной защитой сознания.
Пассажиры будут помнить только первые секунды Когда самолет начал падать, и на следующих этапах включится защитная реакция тела и отключится сознание.
Согласно исследованиям, в процессе столкновения с землей ни один человек не находился в сознании, это говорит о том, что он не мог чувствовать чувств.
Этот факт подтвердили люди, сумевшие выжить в условиях такой катастрофы. На вопрос, что чувствуют пассажиры падающего самолета, они ответили, что запомнят только тряску и перегрузку.
Давление на такой большой принимает много меньших значений, чем над его поверхностью, как и температурные показатели.Недостаток кислорода мешает нормальной работе организма.
Современное кино существенно повлияло на общественное сознание, показав, что даже незначительное отверстие на поверхности ножен приводит к гибели всей пассажирской композиции.
На самом деле все наоборот. Конечно, повреждение ножен ненормальное, но о катастрофическом масштабе проблемы это не говорит.
Основная проблема при разгерметизации салона — нехватка кислорода .Если каждый «путешественник» пристегнут по правилам инструкции, серьезных осложнений возникнуть не должно.
Кроме того, самолет спроектирован с сохранением целостной конструкции и способен выполнить начатый полет. Главное, чтобы я мог сразу заметить падение давления и то, что уровень кислорода снизился.
При разгерметизации нужно надевать кислородные маски
Если посадка управляемая, пассажиры могут быть в сознании, но это глупо.Чаще всего ответ на вопрос о том, что люди чувствуют при падении самолета, — «ничего».
Мы уже отмечали, что высота включает защитную реакцию организма, а переходит во временную спячку до тех пор, пока ситуация не стабилизируется.
Непроизвольно люди могут чувствовать дрожь и небольшой страх.
По свидетельству тех, кому удалось пережить крушение авиалайнера, они практически ничего не помнят.
Для создания благоприятных условий для комфортного самочувствия пассажиров необходимо провести ряд мероприятий.
Во-первых, , предотвратить кислородное голодание пассажиров, предложить им Надеть специальные маски . Дыхание может быть частым, а также может возникнуть небольшое головокружение. Затем клетки мозга постепенно умирают, поэтому своевременное принятие верных действий призвано предотвратить летальный исход.
Во-вторых, , при обнаружении первых признаков пилоты спускаются на относительно безопасную высоту, которая составляет 3-4 км . На этом уровне предполагается достаточное количество кислорода для полноценного дыхания и нормальной жизни тела.
После нормализации ситуации необходимо определиться с дальнейшими действиями. Как правило, это вынужденная посадка в расположенном поблизости порту.
Большинство авиационных происшествий происходит при взлете или посадке
Важную роль играет поведение пассажиров во время крушения .Мы посмотрели, что происходит с людьми во время крушения самолета при падении.
Пассажиры, столкнувшиеся с декомпрессионными факторами, должны соблюдать следующие правила:
Помимо вопроса, который чувствует человек во время авиакатастрофы при падении, возникает еще один вопрос: «Можно ли выжить в этой ситуации?» Как показывает практика — конечно можно. Но при условии, что пилоты своевременно заметили проблемы и начали их устранять.
Комплаенс и отсутствие панического состояния гарантирует спокойствие и отличное самочувствие пассажиров.
Переписка : Алла Лапидус — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Приложение 20) : I1
Международная конференция «Биоинформатика: от алгоритмов к приложениям» (BiATA) — одна из немногих международных конференций, объединяющих как программистов, так и разработчиков алгоритмов, создающих инструменты для широкого спектра современных исследований в области биоинформатики, и исследователей, проводящих эти эксперименты. в поиске надежных и простых в использовании инструментов для анализа данных.
COVID-19 в этом году принудительные конференции онлайн. Виртуальные конференции предлагают новый опыт, который с положительной стороны позволяет большему количеству участников посещать собрания, которые было бы слишком сложно или слишком дорого посещать лично. Именно это произошло с БиАТА-2020, которую нам пришлось проводить удаленно в этом году: мы были рады принять 475 ученых со всего мира против 100 участников в предыдущие годы!
Следуя нашим традициям, BiATA2020 способствует активному применению биоинформатики во многих областях исследований, выявляет новые тенденции в областях биоинформатики, вычислительной геномики и транскриптомики, а также в открытии биологически активных молекул.
Темы, затронутые в рамках конференции, включают, но не ограничиваются:
Четвертая международная конференция «Биоинформатика: от алгоритмов к приложениям» прошла 27–28 июля 2020 г. и сопровождалась двухдневным онлайн-семинаром, который включал анализ и аннотацию метагеномных данных
с использованием MGnify [1].
Ссылка
Митчелл А.Л. и др., MGnify: ресурс для анализа микробиома в 2020 году.Nucleic Acids Res. 2020 января 8; 48 (D1): D570 – D578. https://doi.org/10.1093/nar/gkz1035
Корреспонденция : Алексей Гуревич — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 20 21 (Suppl. ) : O1
Вторичные метаболиты (ВМ) находятся в центре внимания широкого круга исследователей, от биологов и экологов до фармакологов и ученых-биомедиков [1].Современные масс-спектрометрические инструменты позволяют быстро и недорого сканировать тысячи метаболитов, что приводит к огромным объемам данных с высоким разрешением. Хотя эти данные представляют собой золотую жилу для будущих открытий, их интерпретация остается узким местом и требует соответствующих вычислительных методов [2]. Текущее программное обеспечение либо ограничено конкретными классами SM, например, пептидными натуральными продуктами (VarQuest [3]), либо может выполнять только стандартный поиск в базе данных, который позволяет идентифицировать известные SM, но не может обнаружить их новые варианты (Dereplicator + [4 ]).
Здесь мы представляем VarQuest +, инструмент поиска в базе данных, способный идентифицировать новые варианты широкого спектра известных SM, включая поликетиды, алкалоиды, флавоноиды, сапонины и многие другие. Алгоритмические и программные инновации в VarQuest + делают его намного более эффективным по времени работы и потреблению памяти по сравнению с существующими аналогами. Эта эффективность позволила реализовать в VarQuest + режим поиска, допускающий модификации, который является более сложным, чем обычный поиск в базе данных.
Мы протестировали VarQuest + на наборе данных корейских медицинских растений (2,5 миллиона масс-спектров, собранных на 337 образцах). Стандартный поиск в базе данных KNApSAcK (51 179 СМ растений [5]) привел к идентификации 349 соединений. Поиск толерантных к модификациям VarQuest + выявил 4253 SM, что на порядок больше, чем Dereplicator +. При использовании тех же параметров поиска VarQuest + в двадцать раз эффективнее, чем Dereplicator +, во время выполнения и в четыре раза эффективнее по памяти.
Настоящее исследование финансировалось РФФИ, проект № 20-04-01096.
Крэгг GM, Ньюман DJ. Натуральные продукты: постоянный источник новых лекарственных препаратов. Biochim Biophys Acta. 2013; 1830 (6): 3670–3695.
Ван М., Карвер Дж. Дж., Фелан В. В. и др. Совместное использование данных масс-спектрометрии и их курирование с помощью Global Natural Products Social Molecular Networking. Nat Biotechnol. 2016; 34 (8): 828–837.
Гуревич А, Михеенко А, Шлемов А, Коробейников А, Мохимани Х, Певзнер П.А.Повышенное разнообразие пептидных природных продуктов, выявленное с помощью поиска по масс-спектрам в базе данных, устойчивых к модификации. Nat Microbiol. 2018; 3 (3): 319–327.
Мохимани Х., Гуревич А, Шлемов А и др. Дерепликация микробных метаболитов посредством поиска в базе данных масс-спектров. Nat Commun. 2018; 9 (1): 4035.
Афенди FM, Окада Т., Ямазаки М. и др. Базы данных семейства KNApSAcK: интегрированные базы данных метаболитов и видов растений для многогранного исследования растений.Physiol растительной клетки. 2012; 53 (2): e1.
Для корреспонденции : Евгений Николаичик — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Приложение 20) : O2
Справочная информация Сайты связывания факторов транскрипции (TFBS или операторы) являются наиболее распространенными регуляторными элементами в геномах.Их местонахождение имеет решающее значение для понимания экспрессии генома, но отсутствуют методы их автоматизированного общегеномного вывода.
Материалы и методы Наш метод определения бактериального TFBS расширяет идею [1] извлечения релевантной информации из трехмерных структур комплексов транскрипционный фактор (TF) -оператор. Мы используем остатки TF, контактирующие с основаниями ДНК, в качестве метки (CR-tag), чтобы связать TF с их операторами. Откалиброванные профили TFBS с тегами CR используются для автоматического вывода оператора на уровне всего генома.
Приложение с графическим интерфейсом пользователя, реализующее этот метод, было разработано в Xojo с некоторыми подпрограммами, написанными на python. RegPrecise использовался в качестве основного источника данных TFBS [2].
Результаты TFBS выводятся в масштабе всего генома с помощью (1) быстрого автоматизированного сканирования генома на основе CR-тегов с библиотекой экспериментально охарактеризованных мотивов TFBS, помеченных CR, или (2) медленного полуавтоматического вывода de novo TFBS, объединяющего CR- информация тегов с анализом структуры генома. Первый подход позволяет надежно передавать регуляторную информацию между разными видами.Протокол de novo напоминает подход филогенетического отпечатка стопы, но заменяет предположения ортологии строгим критерием, основанным на трехмерной структуре (CR-tag).
Метод может быть использован для:
Исправление плохо выраженных мотивов.
Для большинства TF в данном виде существует только одна или очень мало целей, и невозможно построить надлежащие модели TFBS. С протоколом вывода de novo TFBS можно собрать достаточное количество ортологичных последовательностей операторов у других видов, которые имеют TF с идентичным CR-тегом, что позволяет правильно определить мотив оператора и построить его высококачественную модель.Этот подход может значительно улучшить удобство использования данных из баз данных TFBS одного организма.
Устранение деталей регулирования паралогичных ТФ.
Используя наш подход, основанный на CR-тегах, и экспериментальные данные, мы исследуем случай совершенно разных операторов, описанных для паралогичных TF.
Исправление автоматической аннотации генома.
Нахождение оператора для хорошо охарактеризованного TF может указывать на функции нижестоящих генов [3].
Полномасштабный вывод TFBS для всего генома.
Благодаря текущему набору профилей TFBS, сканирование всего генома находит операторов для большинства оперонов в типичном геноме энтеробактерий. Это помогает выявить неожиданные регуляторы для многих генов и позволяет расшифровать регуляторные каскады.
Выводы Метод вывода TFBS на основе CR-tag применим к любой бактерии и может найти большинство TFBS в не охарактеризованных бактериальных геномах.Приложение, реализующее метод, и его исходный код находятся в свободном доступе по адресу github.com/nikolaichik/SigmoID.
Список литературы
Sahota G, Stormo GD. Новый метод на основе последовательностей для идентификации сайтов связывания факторов транскрипции в прокариотических геномах. Биоинформатика. 2010; 26: 2672–7.
Новичков П.С., Казаков А.Е., Равчеев Д.А., Лейн С.А., Ковалева Г.Ю., Сутормин Р.А. и др. RegPrecise 3.0 — ресурс для изучения регуляции транскрипции у бактерий на уровне генома.BMC Genomics. 2013; 14: 745.
Николайчик Ю., Даменикан АУ. SigmoID: удобный инструмент для улучшения аннотации бактериального генома посредством анализа сигналов контроля транскрипции. PeerJ. 2016; 4: e2056.
Корреспонденция : Окаро М.С. Кастро — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Дополнение 20) : O3
Предпосылки Энтерококки стали одним из основных видов бактерий, имеющих клиническое значение. Геномные исследования внесли большой вклад в понимание биологии, вирулентности и эволюции Enterococcus spp. Растущий спрос на анализ геномных данных сделал необходимым разработку масштабируемых и надежных биоинформатических рабочих процессов. На данный момент существует несколько рабочих процессов геномного анализа, предназначенных для определенного рода бактерий.Здесь мы предлагаем JAMIRA — воспроизводимый и масштабируемый рабочий процесс для анализа геномных данных прокариот, разработанный для видов Enterococcus spp.
Материалы и методы Сравнительные биоинформатические инструменты были сравнены, чтобы определить наиболее подходящие инструменты для рода Enterococcus spp. Чтобы обеспечить воспроизводимость анализа данных, рабочий процесс JAMIRA был разработан с использованием фреймворка Snakemake. Биоинформатические инструменты были установлены в изолированных средах с менеджером пакетов Anaconda для инкапсуляции всех программных зависимостей.JAMIRA включает следующие биоинформатические инструменты: Abricate для предсказания гена вирулентности, RGI для предсказания гена устойчивости к противомикробным препаратам, PlasmidFinder для предсказания плазмид, IslandPath-DIMOB для предсказания геномных островков, PhiSpy для предсказания профага и Prokka для аннотации генома. Веб-приложение JAMIRA реализуется с использованием фреймворка PHP Laravel для разработки внутренней структуры программы и JavaScript, HTML и CSS для графического пользовательского интерфейса.
Результаты JAMIRA автоматизирует несколько биоинформатических анализов, обычно выполняемых в сравнительных геномных исследованиях, с целью выяснения биологических механизмов, которые связывают штаммы энтерококков с результатами для общественного здравоохранения.Приложение имеет графический интерфейс, который позволяет передавать геномные данные в формате файла FASTA, выполнять ручную установку программного обеспечения, аннотацию предыдущего генома и использовать интерфейс командной строки. Кроме того, JAMIRA представляет собой интересную платформу для научного сообщества, поскольку снижает вычислительные затраты исследователя, а также обеспечивает воспроизводимость анализа данных.
Выводы JAMIRA — это автоматизированный и простой в использовании рабочий процесс, который может позволить ученым, не имеющим опыта в биоинформатике, выполнять воспроизводимый анализ геномных данных.Предлагаемый рабочий процесс может внести свой вклад в качестве современной методологии для разработки рабочих процессов биоинформатики для определенного рода, а также способствовать пониманию роли, которую подразумевают комменсальные и клинические энтерококки в различных средах, и способствовать выяснению биологических механизмов, которые сделали этот род бактерий связанным с риски для здоровья населения.
Для переписки: Андрей А.Девяткин — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : O4
Клещевой энцефалит (КЭ) — вирусный зооноз, передающийся через укусы инфицированных клещей. В 1999 году филогенетический анализ продемонстрировал четкое разделение вирусов клещевого энцефалита на три подтипа, которые были названы в зависимости от его распространения: европейский, сибирский и дальневосточный. Сейчас становится очевидным, что фактическое распространение этих вирусов может отличаться от номинального. Здесь 848 последовательностей TBEV (1028 нуклеотидных фрагментов E-гена) были проанализированы, чтобы указать на все передачи вируса на большие расстояния, которые могут быть выявлены из данных последовательностей.Порог в 500 км использовался для отбора вирусов на большие расстояния. Примечательно, что клещи не способны самостоятельно распространить инфекцию на такое расстояние. Другими словами, эти передачи вируса на большие расстояния были вызваны переносчиками клещей. Во всех подтипах и в большинстве небольших групп этих подтипов было много недавних передач вирусов на большие расстояния, что было выявлено байесовским эволюционным анализом. Более того, предполагается, что это систематический образец, а не эпизодические события.Например, 19 из 125 известных последовательностей дальневосточного подтипа были получены в Японии. Генетическое разнообразие вирусов, обнаруженных в этой стране, было сопоставимо с разнообразием всего подтипа. В то же время этот подтип распространен в Японии, Китае, Южной Корее, России, Эстонии и Латвии. Приведенные выше аргументы позволяют нам утверждать, что длительные передачи могут рассматриваться как нормальная и распространенная модель распространения TBEV.
Благодарности
Работа выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (грант № 19-75-00013).
Для корреспонденции: Роберт Б.Мур — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : O5
† Авторы Майкла Барнатана, Брайана Фристенски, Яна Ли и Грегори Ноулза внесли равный вклад в эту работу.
Предпосылки Дупликация гена, приводящая к паралогам, — это плохо понимаемый процесс с точки зрения порядка дублирования, способствующий развитию новых функций. Примером может служить семейство генов сквален-синтазоподобных (SSL) масличной зеленой водоросли Botryococcus braunii , расы B.Скваленсинтазы объединяют две половинные реакции катализа: образование пресквалендифосфата (PSPP) и последующий синтез тритерпеноида, в данном случае сквалена. Ранее было установлено, что паралоги SSL разделили эти две половинные реакции.
Материалы и методы Гены скваленсинтазы (SS) и SSL организма были секвенированы с использованием чтения Illumina и сборки SOAP и Velvet таким образом, что остальная часть генома практически игнорировалась, но это семейство генов было извлечено в полная деталь.Таким образом был определен полный набор паралогов. Во-вторых, генетические «расстояния» между четырьмя генами (в качестве белков in-silico), восстановленные таким образом, сравнивали попарно друг с другом, а также с тем же набором генов, опубликованным предыдущей группой, и с другими SS-генами зеленых водорослей. Наконец, попарные сравнения расстояний были введены в новый алгоритм многомерного масштабирования (MDS), который в сочетании со стандартными матрицами замещения и простой моделью усреднения для скорости эволюции генов позволил построить дерево.В частности, в MDS использовалось 5 измерений.
Результаты Был определен порядок эволюции SS → SSL2 → SSL1 / SSL3, и был сделан вывод об эволюционном сценарии. Кроме того, процесс выравнивания потребовал повторной аннотации ключевых скваленсинтаз из модельных организмов зеленых водорослей Chlamydomonas и Volvox , с поддержкой, также полученной из гомологичных белков немодельных зеленых водорослей Micromonas и Ostreococcus .
Выводы Ген B. braunii SS, также известный как BSS, разошелся дальше, чем типичный SS зеленых водорослей, потому что отбор на BSS был ослаблен путем дублирования для создания SSL2, который имеет все функции BSS, за исключением синтеза PSPP. понижается, но не исчезает. С-концевой анализ показал, что SS зеленых водорослей могут быть связаны с мембраной через две трансмембранные альфа-спирали плюс дополнительную предполагаемую якорную область. По этому С-концевому индикатору белки BSS и SSL2 могут находиться в одном компартменте / органелле друг с другом, что объясняет несколько ослабленный выбор каждого из них.В отличие от SSL1 и SSL3, которые вместе образуют изомер тритерпеноида, названный botryococcene, при биоинформатическом анализе не имеют С-концевых трансмембранных альфа-спиралей. Это может указывать на то, что они мигрировали в другой компартмент или каким-то образом отделены от места синтеза сквалена, что облегчило их отдельную эволюцию. SSL1 и SSL3 стохастически рекомбинировали друг с другом, что, возможно, также способствовало эволюции их новой комбинированной функции — синтеза ботриокццена, и, как предполагается, существуют как гетеродимеры.
Для переписки: Юлия Яковлева — st041958 @ student.spbu.ru
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : O6
# Юлия Яковлева и Алексей Забелкин внесли равный вклад.
Обнаружение скрытого вирусного разнообразия — сложная задача, выходящая за рамки стандартного протокола обработки метагеномных данных. Между тем, общедоступные базы данных содержат большое количество метагеномных данных — многообещающий источник новых вирусных геномов, который остается в значительной степени малоизученным. Здесь мы представляем новый конвейер для обнаружения полноразмерных вирусных геномов из собранных метагеномов.
Вирусные геномы представляют собой циклические или линейные молекулы, концы которых содержат повторяющиеся последовательности. Оба типа можно распознать как циклические последовательности. Мы обнаруживаем такие контиги путем поиска повторов в диапазоне от 50 до 200 п.н. с использованием алгоритма Кнута-Морриса-Пратта. Этот алгоритм требует линейного времени в зависимости от максимальной длины разрешенного повтора, что позволяет обрабатывать большие объемы данных и уменьшать их размерность. Мы классифицируем циклические последовательности как вирусные или невирусные на основе предсказанного содержания гена с помощью инструмента viralVerify.Для каждого выбранного вирусного контига мы идентифицируем гены капсида и терминазы на основе профилей HMM. Мы сравнили найденные белковые последовательности с базой данных NCBI nr с помощью Diamond. Последовательности белков, как запросы, так и совпадения, принадлежащие каждому профилю HMM, были сгруппированы с помощью CD-HIT v4.8.1 (диапазон 80%, идентичность 50%). Полученные последовательности центроидов были выровнены с использованием MAFFT v7.310 с параметрами по умолчанию с последующей реконструкцией филогении с использованием UPGMA и RAxML v8.2.11 отдельно. Кластеры, не содержащие совпадений, были классифицированы как ранее неизвестные.Полноту вирусных контигов проверяли с помощью viralComplete и CheckV. Мы протестировали наш конвейер на собранных метагеномах из базы данных NCBI Assembly. Было проанализировано более 170 Гб данных, представляющих около 1300 метагеномов, полученных из морской воды, почвы и биопленок.
Наш анализ показал, что разнообразие вирусов намного больше, чем мы знаем на сегодняшний день. Обнаружены сотни новых кластеров вирусов. Например, мы идентифицировали 3 новых представителя семейств бактериофагов Siphoviridae и Podoviridae из 10 метагеномов, полученных из биопленок.Наш подход позволяет нам обнаруживать полноразмерные вирусные геномы с меньшей вероятностью ложноположительных результатов. В будущем пользователь нашего конвейера может отправлять сборки метагенома или необработанные считывания на вход и получать аннотированные вирусные геномы из данных. Необходим дальнейший анализ метагеномов из других местообитаний.
Проектдоступен на GitHub: https://github.com/Yulia-Yakovleva/metavirome.
Благодарности
Работа поддержана Санкт-Петербургским государственным университетом (ID проекта 51555639).
Для корреспонденции: Хосе Артуро Молина-Мора — [email protected]
BMC Bioinformatics (Дополнение 20) : O7
Сборка генома de novo — открытая проблема в биоинформатическом анализе.Чтобы выбрать реконструированную последовательность, наиболее близкую к реальному геному, были реализованы различные подходы к оценке и выбору сборок. Во-первых, использовались различные метрики, относящиеся к количеству и размеру фрагментов, полученных в соответствии с ожидаемой последовательностью, смежностью. Другие стратегии сравнения сосредоточены на способности реконструировать основные гены и известные элементы, полноту (какая часть генома представлена частями сборки).Кроме того, обсуждалась точность между секвенированными и ожидаемыми основаниями, которая зависит от технологий секвенирования ДНК. Это можно назвать правильностью, насколько хорошо эти части точно представляют секвенированный геном.
В нашей предыдущей работе мы концептуализировали критерий 3C (смежность, полнота и правильность) как набор показателей, которые можно использовать для тестирования сборок генома. Мы оценили этот критерий, используя коста-риканский изолят Pseudomonas aeruginosa AG1 в качестве модели [1].
Для текущего исследования два новых клона P. aeruginosa AG1 были получены после культивирования с использованием сред с высокой концентрацией ципрофлоксацина, в которых эти бактерии регулярно не растут. По сравнению с эталонным геномом ( P. aeruginosa, PAO1) было подсчитано, что P. aeruginosa AG1 и два новых клона имели в своем геноме дополнительную последовательность ДНК на ~ 1 мб, оправдывая сборку de novo. Все геномы были секвенированы с использованием технологий короткого (Illumina) и длинного чтения (Nanopore).Для каждого штамма был проведен тест из 10 подходов с учетом различных алгоритмов (ассемблеров) и технологий секвенирования ДНК для гибридных и негибридных моделей. Критерий 3C использовался для каждой деформации, чтобы выбрать лучшую сборку.
По результатам тестирования выделяются лучшая производительность технологий длительного чтения для решения повторяющихся зон (влияющих на смежность) и точность (правильность), полученная с помощью технологии короткого чтения. Несмотря на то, что некоторые алгоритмы сборки достигли единственного контига, как и ожидалось, неожиданно для сборщиков длинного чтения было идентифицировано большое количество фрагментированных генов (сдвигов рамки) (влияющих на правильность и полноту).Таким образом, оценка с использованием критерия 3C показала улучшенную производительность для подхода гибридной сборки с лучшими преимуществами каждой технологии секвенирования.
Эти шаги важны не только для понимания архитектуры генома этих штаммов, но и для дальнейших исследований на других — омных уровнях, как мы недавно опубликовали для транскриптомного ответа на ципрофлоксацин в P. aeruginosa AG1 [2].
Список литературы
Молина-Мора, Дж.-A .; Campos-Sánchez, R .; Родригес, С .; Shi, L .; Гарсия, Ф. Высококачественная сборка 3C de novo и аннотация генома ST-111 Pseudomonas aeruginosa с множественной лекарственной устойчивостью: эталон гибридных и негибридных ассемблеров. Sci. Реп. 2020, 10 , 1392, https://doi.org/10.1038/s41598-020-58319-6.
Molina-Mora, J.A .; Шиншилла, D .; Chavarría, M .; Ulloa, A .; Кампос-Санчес, Р .; Mora-Rodríguez, R.A .; Shi, L .; Гарсия, Ф. Транскриптомные детерминанты ответа ST-111 Pseudomonas aeruginosa AG1 на ципрофлоксацин, идентифицированные с помощью нисходящего подхода системной биологии. Sci. Rep. 2020, 10 , 1–23, https://doi.org/10.1038/s41598-020-70581-2.
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : O8
Появление секвенирования нового поколения впервые позволило существенно ускорить и снизить стоимость определения полной последовательности миллионов геномов организмов, от бактерий до человека.Сейчас ученые стремятся миниатюризировать и автоматизировать процесс секвенирования, увеличить объем получаемых данных и снизить их стоимость. Из биоинформатики ясно, что по мере снижения стоимости секвенирования количество обрабатываемых данных будет увеличиваться. Необходимо выявить и автоматизировать рутинные области анализа.
Мы создали Pannopi — масштабируемый, простой в использовании конвейер сборки и аннотации на основе иерархического пангеномного графа. Программа выполняет масштабный анализ последовательности нуклеиновых кислот бактерий от подготовки до функциональной аннотации.Процесс проходит от подготовки считывания последовательности до сборки генома, через очистку генома от внешнего загрязнения до структурной и функциональной аннотации. Контроль качества осуществляется на протяжении всего процесса. Pannopi предлагает тесты и тесты не только для сборки генома, но и для его аннотации с использованием восьми геномов из разных таксономических групп. Это позволяет быстро тестировать и сравнивать новые методы аннотации.
Pipeline включает в себя самые современные и эффективные инструменты для геномной аннотации и позволяет гибко настраивать их использование.Так что пользователь может выбирать между несколькими сборщиками генома и аннотаторами или даже запускать все инструменты для последующего сравнения. Кроме того, Pannopi позволяет пользователям выбирать таксоны для сравнительной геномики пан-генома и требуемые модули; его можно использовать в отдельной программе командной строки или через веб-интерфейс. Выходные данные Pannopi включают: контроль качества исходных данных; сборка; очищен от загрязнений в сборе; контроль качества сборки; структурная аннотация; функциональная аннотация; сравнительная аннотация на основе пангенома; списки генов устойчивости к антибиотикам и вирулентности, плазмид, фагов, IS-элементов, тандемных повторов, mlst-типа и серотипа.
Для переписки: Алексей В.Зимин — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : O9
† Эти авторы внесли равный вклад в эту работу.
По мере развития технологий секвенирования и снижения затрат теперь становится возможным производить индивидуальные эталонные геномы, которые не уступают по качеству общепринятым эталонам. В рамках этого проекта мы создали новый эталонный геном человека, ориентированный на популяцию. Для первоначальной сборки мы использовали общедоступные данные Illumina, Oxford Nanopore ultralong и PacBio HiFi для человека HG002 проекта генома человека из еврейского трио ашкенази.Эти данные доступны из проекта Genome In A Bottle (GIAB). Мы собрали чтения с помощью ассемблера генома MaSuRCA версии 3.3.1, а затем использовали хромосомный каркас MaSuRCA для проверки, упорядочения и ориентации собранных контигов на основе их выравнивания с эталонным геномом человека GRCh48.p12. Ссылка GRCh48 содержит множество повторяющихся и, следовательно, трудных для сборки регионов, некоторые из которых были собраны с помощью трудоемкого ручного курирования. Даже длинные чтения из Nanopore и PacBio по-прежнему не могут должным образом разрешить многие из этих областей.Таким образом, вместо того, чтобы иметь пробелы в хромосомных последовательностях, где это возможно, мы заполнили их, используя последовательность GRCh48.p12 строчными буквами.
Новая ссылка, которую мы называем Ash2, имеет больше последовательностей, размещенных на хромосомах: 2 973 118 650 нуклеотидов по сравнению с 2 937 639 212 в GRCh48. Хотя GRCh48 представляет собой мозаику из множества различных индивидуальных геномов, наша ссылка представляет собой единый традиционный индивидуальный геном, объединенный с гаплотипами. Мы аннотировали геном, перенеся аннотацию ШАХМАТЫ 2.0 из GRCh48.Ссылка на p12 с использованием нового инструмента Liftoff. В аннотации Ash2 идентифицировано 20 157 генов, кодирующих белок, из которых 19 563 более чем на 99% идентичны своим аналогам на GRCh48.p12. 40 генов, кодирующих белок, присутствующих в GRCh48.p12, отсутствуют в Ash2. Однако все эти гены являются членами мультигенных семейств, для которых Ash2 содержит другие копии. Мы не обнаружили вообще случаев, когда ген, присутствующий в GRCh48.p12, полностью отсутствовал в Ash2. Выравнивание Illumina, считываемое из неродственного индивидуального PGP17 из Personal Genome Project (~ 70%) из Personal Genome Project, в Ash2 выявило примерно на 1 миллион гомозиготных SNP меньше, чем выравнивание тех же последовательностей с более удаленной ссылкой на GRCh48, что иллюстрирует одно из преимуществ использования имеющий популяционно-специфический эталонный геном.
Для переписки: Лайла Зико — лайла[email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : O10
Майнинг специализированных кластеров генов метаболизма (SMGC) — один из подходов к поиску новых антибактериальных и противораковых натуральных продуктов, особенно из малоизученных среды. Микробные метагеномы из бассейнов с рассолом Atlantis II Deep, Discovery Deep и Kebrit Deep Red Sea были секвенированы с помощью дробовика, и было обнаружено 2751 SMGC солевого раствора Красного моря. Было обнаружено, что SMGC рассола Красного моря потенциально кодируют натуральные продукты, относящиеся к 28 классам, которые были функционально сгруппированы в три основные категории, которые включают следующие различные химические составы, помимо гибридных кластеров: (1) сахариды, жирные кислоты, арил полиены, ацилгомосериновые лактоны, (2) терпены, рибосомальные пептиды, нерибосомальные пептиды, поликетиды, фосфонаты и (3) полиненасыщенные жирные кислоты, эктоин, ладдеран и другие.Мы недавно сообщили о наших результатах, и здесь мы сосредоточимся на конкретной методологии обнаружения SMGC в метагеномных образцах и на определенной выбранной группе природных продуктов, которые представляют собой синтезированные рибосомами и посттрансляционно модифицированные пептиды (RiPP). Хотя RiPP составляют лишь 0,78% от общего количества SMGC с рассолом Красного моря, их технически возможно испытать в лаборатории, и поэтому они могут быть выбраны для определения приоритетности для последующих экспериментов. Более того, в нескольких более ранних исследованиях сообщалось, что RiPP, принадлежащие к аналогичным классам, проявляют антибактериальные и / или противораковые эффекты.Бактериоцины (17 SMGC), гибридные кластеры сахарид-бактериоцин (3 SMGC), микроцины (3 SMGC) и лантипептиды (2 SMGC) составляют обнаруженные RiPP рассола Красного моря. В дополнение к нашим ранее опубликованным результатам, здесь мы сосредоточимся больше на методологии и рекомендациях для оптимальных микробных метагеномов добычи для SMGC, кроме того, мы уделяем приоритетное внимание дополнительной выбранной группе (RiPP) для рекомендации к экспериментальной работе для проверки и выделения важность внедренной методологии.
Для корреспонденции: Libertine Rose S. Sanchez — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : O11
Загрязнение тяжелыми металлами на участках добычи полезных ископаемых вызывает задержку роста зеленой растительности.К счастью, есть фотосинтезирующие цианобактерии, которые могут выжить в такой среде. Пробы поверхностных вод были собраны в трех точках отбора проб в каждом хвостохранилище (ХХВ) корпорации по добыче меди, на рудниках Philex в провинции Бенгует, Филиппины, таких как восстановленный неактивный Philex TSF1 и действующий в настоящее время Philex TSF3. Геномная ДНК была извлечена из образцов воды и подвергнута секвенированию 2 × 150 парных концов. В общей сложности 72,87 Гбайт необработанных операций чтения после QC [1] были успешно собраны с использованием St.Петербургский сборщик генома (metaSPAdes) [2] и качество оценивалось с помощью metaQUAST [3]. Подходы по умолчанию и индивидуальные подходы для метагеномных классификаторов CLARK [4, 5] и Kraken2 [6] использовались при определении таксономических назначений контигам с использованием совпадений k-mer. По умолчанию CLARK классифицирует большое количество последовательностей по всем точкам выборки. Их таксономическое назначение выявило пять основных цианобактерий, а именно: одноклеточные Synechococcus , Cyanobium и Gloeobacter , нитевидные негетероцистные Leptoplyngbya и гетероцистные Nostoc. Custom-based CLARK идентифицировал Leptolyngbya , что составляет около 3–4% собранных контигов. С другой стороны, Kraken2 обнаружил наиболее доминирующие ностокальные последовательности рангового порядка в диапазоне от 0,05% до 0,63% классифицированных последовательностей. Цианобактерии Kraken2, изготовленные по индивидуальному заказу, показали большое количество последовательностей, принадлежащих нитчатым Fischerella и Trichodesmium sp. в восстановленном ТСФ1. Одноклеточный Microcystis и нитчатый Nostoc , Spirulina и Pseudanabaena доминировали в активном TSF3.CLARK смог различить цианобактерии до уровня вида, в то время как классификатор Kraken2 по умолчанию смог различить до доминирующего таксона рангового порядка. Хотя пользовательский CLARK обнаружил больше цианобактерий на уровне рангового порядка по сравнению с Kraken2, первый смог определить только одну цианобактерию на уровне рода. Kraken2 произвел различную идентификацию цианобактерий на всех участках, в то время как CLARK последовательно идентифицировал одни и те же виды цианобактерий на всех участках.Наборы данных были депонированы в DDBJ / ENA / GenBank BioProject ID PRJNA504923 под регистрационным номером VFQP0000000000, VFQQ000000000, VFQR000000000, VFQS000000000, VFQT000000000 и VFQU0000000. Последовательности, кодирующие белок из Prokka [7], которые были оценены с помощью eggNOG [8], выявили гены, отвечающие за стрессовую реакцию на Cu 2+ , Zn 2+ , Pb 2+ , Cd 2+ , Ca 2+ ионов металлов и смт металлотионеина. Сообщается, что эти гены отвечают за функции оттока / транспорта и устойчивость к тяжелым металлам, которые могут быть основными атрибутами видов цианобактерий для их выживания в экстремальных металлических условиях.Это первый отчет о цианобактериях на участке добычи меди в провинции Бенгет, который был проанализирован с помощью метагеномики дробовика.
Список литературы
Andrews S. FastQC: средство контроля качества для данных последовательности с высокой пропускной способностью. 2010. Доступно по адресу: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc.
Нурк С, Мелешко Д, Коробейников А, Певзнер П.А. metaSPADES: новый универсальный метагеномный ассемблер. Genome Res 2017; 27: 823–834.Доступно по ссылке: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28298430
Милхеенко А., Савалиев В., Гиревич А. MetaQuast: оценка ансамблей метагенома. Биоинформатика 2016; 32 (7): 1088–1090. Доступно по ссылке: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv697.
Ounit R, Lonardi S. Более высокая классификационная чувствительность коротких метагеномных считываний с помощью CLARK-S. Биоинформатика 2016; 32 (24): 3823–3825. Доступно по ссылке: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw542.
Ounit R, Wanamaker S, Close Tj, Lonardi S. CLARK: быстрая и точная классификация метагеномных и геномных последовательностей с использованием дискриминационных k-мер. BMC Genomics 2014; 16: 236. Доступно по адресу: https://doi.org/10.1186/s12864-015-1419-2.
Вуд DE, Зальцберг SL. Kraken: сверхбыстрая классификация метагеномных последовательностей с использованием точного выравнивания. Genome Biol 2014; 14: R46. Доступно по ссылке: https://ccb.jhu.edu/software/kraken/
Зееманн, Т.Prokka: быстрое аннотирование генома прокариот. Биоинформатика 2014; 30 (14): 2068–2069. Доступно по ссылке: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153.
Huerta-Cepas J, Forslund K, Cuelho Lp, Szklarczyk D, Jensen Lj, Von Mering C, Bork P. Быстрая функциональная аннотация по всему геному посредством присвоения ортологии с помощью eggNOG-maper. Mol Biol Evol 2017; 34 (8): 2115–2122. Доступно по ссылке: https://doi.org/10.1093/molbev/msx148.
Для переписки: Геннадий Хворых — khvorykh @ img.ras.ru
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : O12
Ишемический инсульт (ИИ) — неврологический дефицит, возникший внезапно вследствие инфаркта головного мозга. Это основная причина приобретенной инвалидности у взрослых и основная причина смерти. Заболевание является многофакторным, и здесь определенную роль играют генетические факторы. Считается, что многочисленные генетические полиморфизмы увеличивают риск ИИ. Появление полногеномного генотипирования вызвало волну исследований полногеномных ассоциаций (GWAS).Ранее были описаны по крайней мере десять генов-кандидатов, связанных с ИИ. Здесь мы представляем результаты первого раунда обнаружения однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), связанных с развитием IS у лиц восточнославянского происхождения. Результаты были получены с использованием подходов GWAS и машинного обучения (ML).
Группу наблюдения и контроля составили 1051 и 421 человек соответственно. Их генотипировали с помощью нескольких типов ДНК-микрочипов. Выполнив требование контроля качества, мы получили около 82000 аутосомных SNP в объединенном наборе данных.GWAS включал обычный критерий хи-квадрат, точный критерий Фишера и метод байесовского фактора. Два SNP оказались значимыми по крайней мере двумя методами: rs7699716 (chr4: 96648015, OR 2,41, p-значение 2,35e-11) и rs7796855 (chr7: 49627992, OR 1,52, p-значение 3,7e-07).
Подходы машинного обучения включали машину опорных векторов, k-ближайших соседей, случайный лес, логистическую регрессию (LR), градиентное усиление и нейронную сеть (NN). Бинарные классификаторы были оснащены различными методами уменьшения размерности (разложение по сингулярным векторам, диетические сети и приближение однородного многообразия).Наивысшая точность (ROC-AUC) 0,697 была достигнута при использовании метода NN. Влияние SNP на переменную результата оценивалось с помощью значений SHAP для модели LR. Самый высокий рейтинг SNP rs7699716 совпал с результатами GWAS.
Этот SNP расположен в первом интроне гена UNC5C , кодирующего рецептор нетрина. Нетрины направляют удлинение аксонов и миграцию клеток во время нервного развития. UNC5C , как известно, связано с болезнью Альцгеймера. SNP rs7796855 является межгенным.Это было связано с болезнью Паркинсона. Полученные результаты позволяют предположить, что ИИ и нейрогенеративные заболевания имеют общие основные механизмы развития повреждений головного мозга.
Во время второго раунда исследования, в котором будут задействованы более крупные группы образцов, мы планируем расширить генотипические данные для проверки сделанных выводов.
Исследование финансировалось РФФИ (Российский фонд фундаментальных исследований) в соответствии с исследовательским проектом № 19-29-01151.
Для корреспонденции: Йоанн Дюфресн — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : O13
BLAST представил парадигму начального числа и расширения, индексация слов фиксированной длины ( k -меров) из набора последовательностей — это основа большинства алгоритмов и методов, основанных на подобии последовательностей. Из-за постоянно растущего количества доступных эталонных геномов растет интерес к глобальным подходам, способным учитывать очень широкий диапазон последовательностей.Для амбициозных приложений, таких как пангеномика или метагеномика, требуется проиндексировать миллиарды различных k -меров, и было бы полезно включить как можно больше эталонных геномов. Недавно интерес сообщества привлекла проблема представления массивных наборов из тыс. человек с низким потреблением памяти и высокой пропускной способностью. За последние несколько лет было предложено несколько эффективных методов (Pufferfish [1], Bifrost [2], BLight [3], REINDEER [4], Kallisto [5], Jellyfish [6], SRC [7]) с различными приложениями). : k -мерный подсчет, количественная оценка, сборка,…
Некоторые реализации являются специфическими для своего основного приложения, другие представляют собой общие библиотеки, которые могут использоваться для различных целей.Jellyfish индексирует k -меров, используя эффективную схему динамической хеш-таблицы без блокировок, чтобы обеспечить быстрый подсчет k -меров. Такая схема должна хранить в памяти каждое k -меров, что представляет собой стоимость памяти в несколько байтов на k -меров (4 байта для 31-мера). Вероятностные словари [7] могут использовать менее 2 байтов на k -мер за счет низкой частоты ложных срабатываний. Недавние улучшения обеспечили эффективное детерминированное представление набора k -меров, используя избыточность нуклеотидов в наборах k -меров для снижения стоимости памяти [1] и разделение k -меров для дальнейшего снижения стоимости хранения и повышения когерентности кэша [ 3].Однако эффективность некоторых из этих методов зависит от их статичности. Большие затраты на создание или обновление делают их непригодными для некоторых приложений, где требуется вставка или удаление. Например, быстрое получение новых данных о микробных пангеномах может выиграть от динамических структур. Крупномасштабные динамические графы де Брейна [2, 8] — еще одно возможное приложение, которое набирает обороты.
Результаты Мы представляем BRISK (Brisk Reduced Index для последовательности k -меров) ресурсоэффективный динамический словарь, способный ассоциировать значение с k -меров без ложных срабатываний.Он основан на трех основных идеях.
Во-первых, вместо независимого хранения k -меров, мы храним супер- k -меров, последовательность из k -меров, которые используют один и тот же минимизатор, чтобы уменьшить количество нуклеотидов, необходимых для кодирования перекрывающихся k. -меров. Мы разделяем супер- k -меры в соответствии с их минимизаторами, что позволяет нам работать с меньшими структурами и улучшает согласованность кеша. Во-вторых, мы представляем раздел в виде отсортированного списка супер- k -меров, чтобы обеспечить быстрое извлечение k -меров.Наконец, мы используем меньше нуклеотидов, кодируя только суффикс и префикс супер- k -мера без его минимизатора. На практике, используя эту схему, мы можем кодировать в среднем [9] восемь 31-меров в один супер- k -мер, который может поместиться в 64-битное целое число. Чем больше размер минимизатора, тем быстрее запросы, но также больше накладные расходы на пространство. Это означает, что запросы могут быть адаптированы для различных компромиссов между пространством и временем. Кроме того, использование индекса очень согласовано с кешем, поскольку для запроса нескольких k -меров, использующих один и тот же минимизатор, требуется только один случайный доступ к памяти.
Альмодареси, Ф., Саркар, Х., Шривастава, А. и Патро, Р., 2018. Эффективный по пространству и времени индекс для сжатого цветного графа де Брейна. Биоинформатика , 34 (13), стр. I169 – i177.
Холли, Г. и Мельстед, П., 2019. Бифрост – высокопараллельное построение и индексация цветных и уплотненных графов де Брейна. BioRxiv , стр.695338.
Марше К., Кербириу М. и Лимассет А., 2019, апрель. Индексирование графов Де Брёйна с помощью минимизаторов. В Recomb seq .
Марше, К., Икбал, З., Готерет, Д., Салсон, М. и Чихи, Р., 2020. REINDEER: эффективное индексирование присутствия и численности k -меров в наборах данных секвенирования. ISMB.
Брей, Н.Л., Пиментел, Х., Мельстед, П. и Пахтер, Л., 2016. Почти оптимальная вероятностная количественная оценка последовательности РНК. Природная биотехнология , 34 (5), стр.525–527.
Marçais, G. и Kingsford, C., 2011. Быстрый, свободный от блокировок подход для эффективного параллельного подсчета вхождений k -меров. Биоинформатика , 27 (6), стр. 764–770.
Марше, К., Лекомпт, Л., Лимассет, А., Биттнер, Л. и Петерлонго, П., 2020. Экономичный вероятностный словарь и приложения в биоинформатике. Дискретная прикладная математика , 274 , стр.92–102.
Кроуфорд, В. Г., Кунле, А., Баучер, К., Чихи, Р., и Гэги, Т., 2018. Практические динамические графы де Брейна. Биоинформатика, 34 (24), стр. 4189–4195.
Бахарав Т.З., Камат Г.М., Дэвид Н.Т. and Shomorony, I., 2020, май. Спектральное сходство Жаккара: новый подход к оценке попарного выравнивания последовательностей. В Международной конференции по исследованиям в области вычислительной молекулярной биологии (стр. 223–225). Спрингер, Чам.
Для корреспонденции: Семен Григорьев — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Приложение 20) : P1
Вторичная структура известна чтобы иметь решающее влияние на функционирование молекул РНК, поэтому разработка алгоритмов моделирования и предсказания вторичных структур является фундаментальной задачей вычислительной геномики.Среди других методов вторичная структура может быть теоретически описана с помощью формальных грамматик [1, 2].
В [3, 4] предложен подход к анализу вторичной структуры последовательностей путем комбинации формальных грамматик и нейронных сетей. В данной работе мы применяем этот подход к предсказанию вторичной структуры РНК. Вторичную структуру можно описать как состав стеблей разной высоты и размера петель [5]. Мы используем контекстно-свободную грамматику из [3] для кодирования наиболее распространенных видов основ и алгоритм синтаксического анализа [6], чтобы найти такие основы в последовательностях.Обратите внимание, что эта грамматика описывает только классические пары оснований и не может выражать псевдоузлы. Результатом матричного алгоритма синтаксического анализа некоторой последовательности является логическая матрица, которая представляет все теоретически возможные основы с точки зрения грамматики, но реальная вторичная структура не может содержать их все сразу и, кроме того, может быть более сложной, не выражается в данных грамматических элементах. Следовательно, матрицы синтаксического анализа требуют дальнейшей обработки, и мы предлагаем использовать нейронную сеть для их обработки, чтобы сгенерировать фактическую вторичную структуру.
Для экспериментального исследования мы взяли последовательности из базы данных RnaCentral [7], а в качестве справочных данных для обучения сети мы использовали выходные данные инструмента CentroidFold [8]: контактные матрицы, которые представляют связи между нуклеотидами во вторичной структуре. Мы преобразовали матрицы парсинга и контактные карты в черно-белые изображения. Эти изображения использовались для обучения генеративной нейронной сети, которая принимает на входе изображение, полученное при синтаксическом анализе, и преобразует его в максимальное приближение рассматриваемой карты контактов.Мы применили глубокие остаточные сети с алгоритмом локального выравнивания в конце последовательности слоев.
Мы обучили модели с выравниванием и без него на нескольких наборах данных с фиксированным интервалом длины последовательности и оценили их по метрикам точности, отзыву и баллу F1, рассчитанным для количества правильно и неправильно угаданных контактов для каждого изображения. Все модели показали показатель F1 до 70%, и мы обнаружили, что чем меньше размер окна, тем точнее модель, кроме того, выравнивание значительно улучшает точность нейронных сетей за счет удаления контактов, нарушающих вторичную структуру.
В заключение, серия экспериментов подтвердила, что предложенный подход применим к задаче прогнозирования вторичной структуры и что необходимы дальнейшие исследования.
Благодарности
Работа поддержана грантом Российского научного фонда 18-11-00100 и грантом JetBrains Research.
Список литературы
Доуэлл РД, Эдди СР. Оценка нескольких легких стохастических контекстно-свободных грамматик для предсказания вторичной структуры РНК.BMC Bioinformatics. 2004; 5 (1): 71.
Кнудсен Б., Хайн Дж. Предсказание вторичной структуры РНК с использованием стохастических контекстно-свободных грамматик и эволюционной истории. Биоинформатика. 1999, 1 июня; 15 (6): 446–54.
Григорьев С., Лунина П. Состав плотных нейронных сетей и формальных грамматик для анализа вторичной структуры. In De Maria E, Gamboa H, Fred A, редакторы, BIOINFORMATICS 2019— 10-я Международная конференция по моделям, методам и алгоритмам биоинформатики, Труды; Часть 12-й Международной совместной конференции по биомедицинским инженерным системам и технологиям, BIOSTEC 2019.SciTePress. 2019. стр. 234–241
Григорьев С., Лунина П. Улучшенная архитектура искусственной нейронной сети для анализа вторичной структуры. BMC Bioinformatics. 2019; 20 (S17). P2.
Quadrini M, Merelli E, Piergallini R. Петлевые грамматики для определения структурных паттернов РНК. В: Материалы 12-й Международной совместной конференции по биомедицинским инженерным системам и технологиям [Интернет]. SCITEPRESS — Научно-технические публикации; 2019.
Азимов Р., Григорьев С. Бесконтекстный поиск путей путем умножения матриц. В Bhattacharya A, Fletcher G, Roy S, Arora A, Larriba Pey JL, West R, редакторы, Труды 1-го совместного международного семинара ACM SIGMOD по опыту и системам управления графическими данными (GRADES) и аналитике сетевых данных (NDA), GRADES -NDA 2018. Ассоциация вычислительной техники. 2018. a5. (Материалы 1-го совместного международного семинара ACM SIGMOD по опыту и системам управления графическими данными (GRADES) и аналитике сетевых данных (NDA), GRADES-NDA 2018).
Суини Б.А., Петров А.И., Бурков Б., Финн Р.Д., Бейтман А., Шимански М. и др. RNAcentral: центр информации о некодирующих последовательностях РНК. Исследования нуклеиновых кислот. 2019 8 января; 47 (D1): D221-D229.
Хамада М., Кирю Х., Сато К., Митуяма Т., Асаи К. Прогнозирование вторичной структуры РНК с использованием обобщенных оценок центра тяжести. Биоинформатика. 2009 15 февраля; 25 (4): 465–73.
Для переписки: Шиков Антон Евгеньевич — [email protected]; Кирилл С. Антонец — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : P2
Биопрепараты на основе энтомопатогенных грамположительных бактерий Bacillus thuringiensis представляют собой одну из самые распространенные биопестициды.Сила и специфичность инсектицидного действия в основном определяются инсектицидными частицами, образующимися в основном в виде кристаллических включений во время фазы роста споруляции бактерии. Хотя B. thuringiensis продуцирует различные факторы вирулентности, токсины Cry относятся к наиболее полезным и применимым в сельском хозяйстве биопестицидам. Cry-токсины и их подмножество, 3-D (трехдоменные) Cry-токсины, демонстрируют широкий спектр пораженных хозяев и высокую специфичность. К сожалению, возникающая резистентность насекомых к этим токсинам из-за мутаций в рецепторах хозяев препятствует эффективной борьбе с вредителями.Две стратегии, которые могут способствовать решению этой проблемы, — это поиск новых токсинов и создание искусственных токсинов путем перетасовки доменов. Чтобы обнаружить новые токсины 3-D Cry в геномных данных, мы недавно разработали основанный на HMM инструмент под названием CryProcessor, который извлекает последовательности токсинов 3-D Cry из больших наборов данных и дает возможность получить структуру отдельных доменов [1]. Этот инструмент превосходит свои аналоги по точности, скорости и пропускной способности. Структура домена Cry-токсинов, предоставляемая CryProcessor, может способствовать развитию химерных токсинов за счет ускорения создания химерных токсинов in silico.Принимая во внимание разнообразие Cry-токсинов, одна общепринятая, но не подтвержденная четко гипотеза связывает эту диверсификацию 3-D Cry-токсинов с обменом между ними доменами. Чтобы восполнить этот пробел, здесь мы провели крупномасштабное филогенетическое исследование токсинов 3-D Cry. Используя CryProcessor, мы проверили базы данных IPG и Genbank и идентифицировали 600 новых токсинов, которые затем были объединены с токсинами из номенклатуры Bt . Мы построили филогенетические деревья на основе как полных последовательностей, так и отдельных доменов.Оценка топологических различий между деревьями выявила несходство между топологией полного дерева на основе последовательностей и деревьев только домена. Затем мы проверили последовательности сигналов событий рекомбинации. В результате было выявлено 50 событий рекомбинации, принадлежащих каждому из доменов. Наши результаты показывают, что события рекомбинации представляют собой ключевой механизм эволюции и диверсификации 3-D Cry-токсинов. Более глубокий взгляд на историю событий рекомбинации позволит нам понять эволюционные механизмы, порождающие разнообразие токсинов Cry, а также точно и эффективно разработать новые токсины.
Работа поддержана Российским научным фондом (20-76-10044).
Ссылка
Шиков А.Е., Маловичко Ю.В., Скитченко Р.К., Нижников А.А., Антонец К.С. Больше никаких слез: анализ данных секвенирования для новых Bt Cry токсинов с помощью CryProcessor. Токсины. 2020; 12 (3): 204
Для переписки: Хьюго А. Волкаерт — kpshgv @ ku.th; [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : P3
Мы изучаем генетическое разнообразие деревьев лиственных лесов в Таиланде, чтобы понять их адаптацию к прошлой среде и спрогнозировать их реакция на будущие изменения климата. Высокопроизводительное секвенирование значительно расширяет популяционные генетические исследования благодаря своей способности генотипировать людей по нескольким локусам. Хотя существуют методы для получения данных о генотипах и полиморфизме без эталонного генома, наличие эталонной последовательности по крайней мере для участков генома с одной копией действительно помогает, когда нужно сравнить параметры разнообразия между популяциями и видами.
Посредством частотного анализа k-мер при нескольких длинах k-мер показано, что геномы деревьев ( Xylia xylocarpa , Dipterocarpus tuberculatus , Gluta usitata , Dalbergia spp., Afzelia xylocarpa ) являются сильно гетерозиготными. . Длина k-мера, при которой частота пика гомозиготных k-меров равна частоте пика гетерозиготных k-меров, предлагается в качестве надежной меры для сравнения уровня полиморфизма у гетерозиготных видов.
Поскольку отдельные геномы очень гетерозиготны, программы сборки борются за получение приемлемой эталонной последовательности даже для неповторяющейся части генома. Platanus, Platanus-allee, SPAdes и Meraculous сравнивали по их способностям сборки генома. Ни одна из программ не доставляла пригодный для использования эталонный геном из данных о последовательностях, примерно в 12–25 раз превышающий охват генома единственной библиотеки, секвенированной с помощью Illumina® парных считываний из 101 или 150 нуклеотидов. Сборки сильно фрагментированы, обычно образуя один контиг в коротких регионах с более низкой гетерозиготностью и два контига для регионов, где гаплотипы сильно расходятся с перерывами между ними.
Мы разрабатываем конвейер сборки «гаплотип-специфичных k-мер», который основан на идентификации доверенных однокопийных k-мер и одновременном расширении двух хромосомных копий с использованием пар чтения, содержащих именно эти k-меры. С помощью этого конвейера можно собрать контиги длиной более 10 000 пар оснований, охватывающие несколько каркасов, производимых обычными сборщиками генома. Более того, достаточное количество пар чтения содержит два полиморфизма, позволяющих не только сборку генома, но и фазирование полиморфных сайтов одновременно.Процесс отбора и обхода k-mer необходимо дополнительно автоматизировать и распараллелить.
Данные от умеренного до низкого охвата секвенирования генома Illumina ® содержат достаточную информацию для сборки длинных контигов, представляющих оба гаплотипа, полученные из двух геномов у гетерозиготных индивидуумов.
* Авторы в равной степени.
Переписка: Алла Лапидус — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : P4
Черную тайгу можно охарактеризовать как бореальное лесное образование, ограниченное в своем распространении гипер влажные участки Алтае-Саянского горного региона. Он отличается рядом уникальных экологических черт, наиболее заметной из которых является гигантизм многолетних травянистых растений и кустарников.
Основная цель исследования — выявить и параметризовать основные факторы, влияющие на аномально повышенное эффективное плодородие почв Черневой тайги, с акцентом на микробные сообщества. Мы стремимся установить связь между различными свойствами Черневой тайги с химическими параметрами почвы, скоростью увлажнения, уникальным составом микробиоты и / или совокупностью всех этих факторов.
На основе анализа 16S почв двух участков Черневая тайга (Новосибирская и Томская области) и контрольных почв мы обнаружили, что богатство почвенной микробиоты значительно уменьшается с увеличением глубины отбора проб.Таксономическая структура микробиоты верхних слоев (0–15 см) имеет сходные свойства в разных географических точках Черневой тайги. Наиболее распространенными типами в верхних слоях почв черной тайги являются Proteobacteria, Acidobacteria и Verrucomicrobia.
Различия в составе микробиоты ризосферы Crepis sibirica между Черневой тайгой и контрольными районами исследованы с использованием метода линейного дискриминантного анализа размера эффекта.Мы обнаружили бактериальные таксоны, которые относительно многочисленны между обеими группами. Bacteroidetes (в частности, Sphingobacteria и Cytophagia) были более многочисленны в контрольной группе, а Actinobacteria (в основном Thermoleophilia) и Verrucomicrobia (Chthoniobacterales) в пробах из Черневой тайги. Это может указывать на специфику микробиома Черневой тайги и его важность для особенностей этого биотопа.
Настоящее исследование финансировалось Российским научным фондом (грант ID 19-16-00049).
Исследовательская группа по вирусологии и фитоплазматологии растений, Институт исследований сельскохозяйственных культур, 16106 Прага, Чешская Республика
Для корреспонденции: Петр Коминек — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : P5
Предпосылки Виромы фруктовых деревьев, овощей, виноградной лозы и декоративных растений были изучены с использованием высокопроизводительного секвенирования.
Материалы и методы Общая РНК была выделена из листьев растений, рибосомная РНК была удалена и были подготовлены библиотеки для технологии Illumina. Секвенирование выполняли на машинах MiSeq и NovaSeq, всегда для 2 × 150 н.
Данные обрабатывались с помощью Geneious и CLC Genomics Workbench, конвейер включал удаление повторяющихся чтений, сборку de novo, поиск контигов с помощью TBLASTX для вирусов растений с использованием локальной базы данных. Затем чтения были сопоставлены с контигами, был рассчитан охват.В случае новых вирусов сопоставленные чтения проверялись с помощью BLAST. Выравнивание вирусных последовательностей с относительными вирусами проводили с помощью MUSCLE. Модели наиболее подходящих нуклеотидных и аминокислотных замен для каждого выравнивания и последующий филогенетический анализ были выполнены с помощью MEGA7 [1].
Результаты В проанализированных образцах было идентифицировано несколько вирусов: шесть вирусов и два вироида в виноградной лозе; два вируса на фруктовых деревьях; 11 вирусов, включая четыре новых вируса в декоративных растениях.
Был описан новый представитель рода Potyvirus , семейства Potyviridae (одноцепочечный положительный геном РНК), названный вирусом разрушения цветков Pleione , заражающий орхидеи Pleione [2].
Новый член семейства Kitaviridae (геном с одноцепочечной положительной РНК) был обнаружен у орхидей Vanilla и Eria , предварительно названных ваниль-ассоциированным китавирусом. Филогенетический анализ подтвердил его принадлежность к семейству Kitaviridae . Вирус ветвился отдельно от признанных родов семейства, его принадлежность к роду не установлена.
Новый член семейства Phenuiviridae (геном с одноцепочечной отрицательной РНК) был обнаружен у орхидей Neotinea , предварительное название Neotinea-associated coguvirus.
Новый член семейства Chrysoviridae (геном двухцепочечной РНК) был обнаружен у орхидей Restrepia , предварительное название Restrepia-associated alphachrysovirus.
Выводы Интуитивно понятные инструменты для анализа данных высокопроизводительного секвенирования, такие как Geneious и CLC Genomics Workbench, были успешно использованы для обработки больших наборов данных, полученных с секвенсоров Illumina. Были собраны и аннотированы геномы четырех новых вирусов декоративных растений.
Финансирование
Работа поддержана институциональной поддержкой MZE-RO0418 Министерства сельского хозяйства Чешской Республики.
Список литературы
Кумар С., Стечер Г., Тамура К. MEGA7: Молекулярно-эволюционный генетический анализ версии 7.0 для больших наборов данных. Mol Biol Evol. 2016; 33: 1870–1874.
Коминек П., Массарт С., Фам К., ван Леувен П., Коминкова М. Характеристика нового вируса, поражающего орхидеи рода Pleione.Virus Res. 2019; 261: 56–59.
Для корреспонденции: Иван Алексеев — alekseevivan95 @ gmail.com
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : P6
Предпосылки Использование метагеномных подходов для оценки почвенного микробиома является весьма перспективным, поскольку позволяет идентифицировать таксономические маркеры и микробиологические факторы почвообразования. , что особенно актуально в связи с потеплением Арктики и его потенциальными экологическими рисками. Несмотря на очень суровые климатические условия, разнообразие почвенных бактериальных сообществ Арктики так же велико, как и в других биомах, и все еще недооценивается.Эта работа направлена на оценку микробных сообществ, а также определение основных факторов окружающей среды, влияющих на их структуру и разнообразие в многолетнемерзлых почвах полуострова Ямал, Российская Арктика.
Материалы и методы Выделение ДНК проводили с использованием набора для выделения ДНК PowerSoil® (Mobio Laboratories, Солана-Бич, Калифорния, США). Очищенные ДНК-матрицы амплифицировали с универсальными мультиплексными праймерами F515 5′-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3 ‘и R806 5′-GGACTACVSGGGTATCTAAT-3’ [1], нацеленными на вариабельную область V4 бактериальных и архейных генов 16S рРНК.Секвенирование библиотек ампликонов проводили с помощью ILLUMINA MiSeq. Обработку данных последовательностей проводили с использованием «Trimmomatic» [2] и «QIIME» [3]. Основные параметры почвы определяли по стандартным методикам. Экстракцию гуминовых и фульвокислот проводили по методике, предложенной Международным обществом гуминовых веществ.
Результаты Таксономический анализ выявил преобладающие таксоны микробов в профилях почв, затронутых вечной мерзлотой, как в тундре, так и в лесотундре.Proteobacteria plylum ранее были обнаружены в полярных почвах, и их среда обитания значительно различалась в отношении изменения питательных веществ и наличия воды, температурного режима и свойств почвы. Достаточно теплая и влажная среда Южного Ямала, наряду с наличием существенных частей органических остатков в верхнем слое почвы, объясняет обилие типа Acidobacteria. Анализ типа гумуса в исследованных почвах выявил преобладание низкомолекулярных фрагментов, что свидетельствует о высоких рисках минерализации в системе гумусовых веществ в условиях потепления Арктики.
Выводы Наши результаты являются дополнительным свидетельством высокой уязвимости и чувствительности органического вещества почв, затронутых мерзлотой, к потеплению в Арктике. Диапазон pH и накопление азота были признаны основными факторами окружающей среды, описывающими разнообразие и состав микробного сообщества в исследуемых почвах.
Благодарности
Работа поддержана грантом РНФ № 17-16-01030 (секвенирование), грантом РФФИ № 19-416-8 (полевые работы).
Список литературы
Bates ST, Berg-Lyons D, Caporaso JG, Walters WA, Knight R и Fierer N.Изучение глобального распределения доминирующих популяций архей в почве. ISME J. 2010; 5: 908–917.
Bolger AM, Lohse M, Usadel B. Trimmomatic: гибкий триммер для данных последовательности Illumina. Биоинформатика. 2014; 30: 2114–2120.
Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, et al. QIIME позволяет анализировать данные секвенирования сообщества с высокой пропускной способностью. Природные методы. 2010; 7 (5): 335–336.
Для переписки: Светлана Евграфова — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : P7
Новые знания о метаногенном и метанотрофическом разнообразии активность в донных отложениях важна для понимания процессов, связанных с переносом углерода и биогенных соединений из наземных экосистем в водные и их биогеохимической трансформацией.С другой стороны, интеграция измерений функционального разнообразия в исследования микробиологии окружающей среды остается неполной. Донные отложения озер и рек являются горячими точками производства метана, но состав и активность метаногенных и метанотрофных микроорганизмов для донных отложений великих арктических рек по-прежнему плохо описаны. Мы стремились использовать метагеномный анализ в качестве инструмента биоинформатики для реконструкции геохимических процессов, вызывающих движение метана в донных отложениях реки Енисей.
Мы исследовали донные отложения, собранные на 18 участках, расположенных между 56.0º и 67.4º с.ш. вдоль реки Енисей. Мы использовали данные секвенирования гена v4-области 16 s рДНК для оценки состава микробиома, из которого мы проанализировали прокариот, принадлежащих к ахеям, а также метанотрофов. Последовательности были получены с помощью Illumina MiSEQ, обработка выполнялась в R. Для обрезки, фильтрации и определения ASV с последующим объединением считываний использовался стандартный конвейер для Dada2. Филогенетическое дерево было построено с помощью MAFFT и реализации FastTree в Qiime2.Сокращение по минимальному количеству (12833) считываний, гистограмм, расчет показателей альфа- и бета-разнообразия выполнялся с помощью phyloseq (визуализация с помощью ggplot2).
Параллельно с отбором проб донных отложений мы отобрали пробы растворенных парниковых газов (CO 2 и CH 4 ) методом свободного пространства и далее измерили концентрации CO 2 и CH 4 и δ13C-CH 4 и δ13C-CO 2 . Метаболические пути производства метана мы выявили с использованием сигнатуры δ13C-CH 4 в эксперименте по бескислородной инкубации с отложениями.
В результате было проанализировано 52 типа бактерий и архей, среди которых метаногенные археи составляли лишь 0,5–0,6% последовательностей в библиотеках ампликонов (в зависимости от образца). В структуре метаногенного сообщества донных отложений Енисея преобладают археи, относящиеся к Methanosarcina , Methanosaeta и Methanoregula . Обилие OTU этих археонов было больше в отложениях, собранных между 56º и 61º с.ш. Вдоль этого участка канала значения δ13C-CH 4 в растворенном метане увеличились с -54 до -43 VPDB, что указывает на метилотрофный и ацетокластический метаногенез.На участке между 61º с.ш. и 64º с.ш. численность OTU метаногенных архей резко снизилась (в 5–190 раз), что сопровождалось резким истощением δ13C-CH 4 до -60-80 ‰ VPDB, что указывает на переход к гидрогенотрофной метаболической путь производства метана. Также в этом районе реки мы наблюдали увеличение численности ОТЕ анаэробных метанотрофов, принадлежащих Candidatus Methanoperedens. Далее к северу (64–67º с.ш.) мы наблюдали обогащение δ13C-CH 4 и увеличение количества археонов метаногенного сообщества, принадлежащих к Methanosarcina и Methanoregula .
Мы считаем, что данные секвенирования NGS могут прояснить таксономический состав метанотрофных и метаногенных сообществ отложений, их активность и влияние на геохимические процессы, вызывающие метан, а также выявить активных участников этих сообществ.
Благодарности
Работа поддержана грантом РФФИ, проект № 18-05-60203_Arctica и 19-05-50107.
Для переписки: Брайан Фристенски — Брайан[email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Дополнение 20) : P8
Наука о данных включает в себя последовательность процессов: сбор, очистка и организация данных, контроль и обеспечение качества, проверка и последующая визуализация и аналитика. Из-за огромного количества инструментов для каждого из этих шагов проблема часто заключается в том, чтобы заставить их работать согласованно, чтобы облегчить тщательный и проницательный анализ.
BIRCH [1] — это фреймворк, состоящий из сотен биоинформатических инструментов, объединенных семейством программируемых графических приложений BioLegato [2].Каждое приложение BioLegato создает конкретный класс биологических объектов, упаковывая вместе данные и методы для каждого объекта. Мы описываем приложения BioLegato для поиска BLAST, реализующие принципы науки о данных. Например, в blncbi пользователь извлекает последовательности из NCBI с помощью построителя запросов Entrez. Аминокислотные последовательности, соответствующие запросу, появляются в blprotein , приложении BioLegato для выполнения задач, специфичных для белков. Белок может быть выбран для поиска BLAST, и выходные данные появятся в bpfetch, объект электронной таблицы BioLegato для совпадений белков. blpfetch позволяет легко сканировать сотни совпадений, преобразовывая список в один или несколько подмножеств для поиска. Последовательности извлекаются в новый объект blprotein для последующего анализа. Например, белки, выровненные с помощью mafft, появятся в объекте blpalign . По сравнению с веб-приложениями, которые показывают только один шаг в полноэкранном окне, объекты BioLegato можно выстраивать на экране, чтобы дать более глобальное представление о конвейере.
BioLegato упрощает экспериментирование с данными на каждом этапе.Поскольку вывод каждого шага появляется в новом объекте BioLegato, тупиков нет. Выходные данные одного шага можно использовать непосредственно в качестве входных данных для последующих шагов, поскольку BioLegato автоматизирует утомительные и подверженные ошибкам задачи, такие как преобразование формата файла. Мы называем этот процесс специальной конвейерной обработкой. Специальная конвейерная обработка позволяет пользователю извлекать уроки из каждого шага, прежде чем переходить к следующему. Мы также описываем blastdbkit , скрипт Python, запускаемый из BioLegato, для загрузки и управления базами данных BLAST на компьютере пользователя.
Вместе приложения BioLegato обеспечивают непрерывный конвейер «укажи и щелкни» для поиска в базе данных последовательностей в контексте более крупной системы BIRCH. Новые программы могут быть добавлены к любому приложению BioLegato путем создания файла с использованием языка PCD BioLegato [2], который определяет параметры, которые необходимо установить, и команду оболочки для запуска программы. Таким образом, основные функции BIRCH могут быть интегрированы с локально установленным программным обеспечением для биоинформатики.
БЕРЕЗА Веб-сайт: https: // home.cc.umanitoba.ca/~psgendb
Фристенский Б. БЕРЕЗА: Ориентированная на пользователя, локально настраиваемая система биоинформатики. BMC Bioinformatics. 2007; 8: 5.
Alvare GGM, Roche-Lima A, Fristensky B BioPCD — язык для разработки графического интерфейса пользователя, требующий минимального набора навыков. Int. J. Computer Appl. 2012; 57: 9–16.
Для корреспонденции: Дмитрий А.Родионов — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Дополнение 20) : P9
Предпосылки Производство короткоцепочечных жирных кислот (SCFAs) микробиотой толстой кишки имеет первостепенное значение для здоровья человека. Многие факторы, включая диету и состав микробиома, влияют на производство SCFAs микробиотой кишечника.
Материалы и методы Мы разработали инструмент Phenotype Profiler, позволяющий прогнозировать метаболические возможности микробиома кишечника человека (HGM) по синтезу витаминов, аминокислот, SCFA и использованию углеводов на основе профилей таксономической численности.Инструмент использует концепцию бинарного метаболического фенотипа, присвоенного каждому геному в эталонной коллекции геномов HGM. Мы выполнили метаболическую реконструкцию путей ферментации бутирата, пропионата, ацетата, лактата и формиата в более чем 2600 микробных геномах, используя подсистемный подход, реализованный в базе данных SEED. В результате каждому эталонному геному был присвоен бинарный фенотип, отражающий наличие / отсутствие по крайней мере одного варианта функционального пути. Для синтеза бутирата и пропионата мы описали 4 альтернативных варианта пути.Полученные бинарные фенотипы эталонных геномов использовали для расчета взвешенных фенотипов для каждого картированного варианта последовательности ампликона (ASV), полученного из метагеномных образцов, и дальнейшего расчета индекса фенотипа сообщества (CPI) для каждого образца как суммы ASV соответствующих взвешенных фенотипов, умноженных на их относительное обилие.
Результаты Мы собрали девять ранее опубликованных наборов данных метагеномики, полученных в ходе исследований ферментации in vivo (человек, мыши, крысы, поросята) или in vitro и содержащих как данные секвенирования 16S рРНК, так и метаболомные измерения SCFA, чтобы выяснить, есть ли прогнозируемые метаболические потенциалы (рассчитанные как значения CPI) коррелируют с измеренными концентрациями метаболитов.Каждый набор данных 16S был проанализирован с помощью плагина DADA2 от QIIME2. Полученные ASV были аннотированы с использованием подхода мульти-таксономического назначения, основанного на сходстве с последовательностями 16S из базы данных RDP. Инструмент Phenotype Profiler был применен к аннотированным таблицам численности ASV для расчета значений CPI для продукции SCFAs в каждой выборке. Полученные значения CPI показали отсутствие корреляции с экспериментально измеренными концентрациями бутирата и пропионата в образцах фекалий из пяти исследований in vivo, что можно объяснить высокоэффективной абсорбцией SCFAs в толстой кишке.Напротив, значения CPI коррелируют с уровнем SCFAs, полученным в экспериментах по бактериальной ферментации фекального инокулята in vitro.
Выводы CPI дает вероятностную оценку доли клеток сообщества, обладающих определенной метаболической способностью. Высокая согласованность между прогнозируемыми in silico возможностями производства бутирата и пропионата и их концентрациями, измеренными in vitro, обеспечивает валидацию нашего подхода к профилированию фенотипа.
Благодарности
Работа поддержана Российским научным фондом (грант № 19-14-00305).
Для переписки: Юрий Васильевич Маловичко — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Дополнение 20) : P10
Исследования развития семян остаются одним из важнейших моментов в современной молекулярной науке о растениях. Однако временной контроль эмбриогенеза и созревания семян остается непоследовательно изученным.В настоящей работе мы использовали Sprint-2, быстро созревающую линию гороха посевного ( Pisum sativum L.), для изучения процессов, сопровождающих гетерохронность развития семян, с использованием технологии полнотранскриптомного секвенирования (RNA-Seq) [1]. Во-первых, семена Sprint-2 через 10 и 20 дней после опыления (DAP) сравнивали с точки зрения дифференциальной экспрессии генов, чтобы оценить их идентичность развития и выделить процессы, происходящие между этими двумя временными точками. Помимо хорошо известных признаков созревания семян, было обнаружено, что в общей сложности 300 транскриптов, связанных с мобильными элементами, активируются при 20 DAP.Затем включение внешних данных для двух линий гороха со средней скоростью созревания семян [2] показало, что Sprint-2 претерпевает задержку в развитии на стадии развития перед хранением с последующим ускорением развития после 10 DAP. В соответствии с этим представлением было обнаружено, что транскрипты, связанные с накоплением запасных соединений и приобретением устойчивости к высыханию, экспрессируются ранее в Sprint-2. Более ранний переход к созреванию в Sprint-2 может быть частично объяснен преждевременной активацией генов, кодирующих первичные факторы транскрипции LAFL, которые также несут сильные миссенс-замены по сравнению с двумя другими линиями гороха.Более того, как в 10, так и в DAP Sprint-2 продемонстрировал повышенную скорость активности мобильных генетических элементов, в основном ретротранспозонов семейства Copia. Активность промотированного транспозона может быть связана с измененным паттерном генов ДНК-метилазы, обнаруженным в Sprint-2. Это включает более раннее начало пути CROMOMETHYLASE ( CMT ) и повышенный уровень экспрессии генов RDM1 и DRM на 20 DAP по сравнению с двумя нормально созревающими образцами. Полученные данные показывают, что активность мобильного элемента может лежать в основе или, скорее, сопровождать гетерохронию развития семян у гороха, но для выяснения этой гипотезы необходимы дальнейшие эксперименты.
Благодарности
Работа выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (грант № 17-16-01100).
Список литературы
Маловичко Ю.В., Штарк О.Ю., Васильева Е.Н., Нижников А.А., Антонец К.С. Транскриптомные взгляды на механизмы раннего созревания семян гороха посевного (Pisum sativum L.). Ячейки. 2020; 9 (3): 779. Опубликовано 23 марта 2020 г.
Лю Н, Чжан Г, Сюй С., Мао В., Ху Ц., Гун Ю.Сравнительный транскриптомный анализ развития семян овощей и зерна гороха ( Pisum sativum L.). Фронтальный завод им. 2015; 6: 1039. Опубликовано 25 ноября 2015 г.
Для корреспонденции: Урми Шах — urmimshah96 @ gmail.com; Srikrishna Subramanian — [email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20) : P11
Предпосылки За последнее десятилетие микробная геномика претерпела быстрые улучшения, прежде всего благодаря разработке новых алгоритмов способен собирать данные, полученные с помощью различных технологий секвенирования следующего поколения, в высококачественный геном. В зависимости от технологии секвенирования, типа библиотек и сложности генома это чаще всего приводит к созданию черновых геномов.Однако завершение этих микробных геномов остается проблемой. Даже с развитием технологий, которые производят длинные считывания, рентабельность технологий коротких считываний привела к размещению 468 154 (по состоянию на декабрь 2019 года) постоянных черновых геномов (то есть геномов, которые вряд ли когда-либо будут завершены) в NCBI. база данных, в то время как количество полных геномов всего 16 814. Настоящая работа направлена на разработку вычислительного процесса для улучшения качества этих постоянных черновиков геномов с использованием информации из полных геномов эволюционно родственных микробов.
Материалы и методы Полный геном Escherichia coli (NZ_CP027599.1) был выбран в качестве стандартной сборки для нашего исследования. Наборы данных коротких чтений различной длины (от 75 до 250 пар оснований) были смоделированы с использованием программ ART [1], DWGSIM [2], NEAT [3], pIRS [4] и Wgsim [5]. Эти чтения были привязаны к стандартной сборке (NZ_CP027599.1) с использованием BWA [6], Bowtie [7], Novoalign (https://novocraft.com/) и SMALT (https://www.sanger.ac. uk / tool / smalt-0 /).Пятнадцать различных геномов из рода Citrobacter, Enterobacter, Salmonella, Shigella и Yersinia на разном эволюционном расстоянии до Escherichia coli были использованы в качестве эталонов для картирования вышеупомянутых имитированных считываний. Лучшие результирующие сборки были выбраны в качестве исходных данных для программы GFinisher [8]. Сборка de novo имитированных чтений была произведена с использованием Unicycler [9] для сравнения. Сравнение различных сборок с полным геномом Escherichia coli (NZ_CP027599.1) были сделаны с использованием QUAST [10] и Circos [11].
Результаты В нашем рабочем процессе используется информация из множественных эталонных геномов для получения улучшенной сборки смоделированных считываний Escherichia coli (NZ_CP027599.1). Предполагается, что с увеличением числа полных геномов данного рода в NCBI информация, содержащаяся в геномах родственных микробов, может быть использована для получения сборки с улучшенной смежностью и без потери специфической для штамма информации. с использованием исходных данных короткого чтения из архива короткого чтения.
Выводы Доказательство концепции с использованием смоделированных коротких наборов данных для Escherichia coli представлено, чтобы подчеркнуть улучшения в сборке, управляемой множеством эталонных геномов.
Список литературы
Хуанг В., Ли Л., Майерс-младший, Март GT. ART: симулятор чтения секвенирования нового поколения. Биоинформатика. 2012. 28 (4): 593–4.
Гомер Н. (2010). nh23 / DWGSIM. GitHub. https: // github.com / nh23 / DWGSIM
Stephens ZD, Hudson ME, Mainzer LS, Taschuk M, Weber MR, Iyer RK. Моделирование наборов данных секвенирования следующего поколения на основе эмпирических моделей мутации и секвенирования. PLoS One. 2016; 11 (11): e0167047.
Ху Х, Юань Дж, Ши И, Лу Дж, Лю Б., Ли З и др. pIRS: симулятор считывания парных оконечных устройств Illumina на основе профиля. Биоинформатика. 2012. 28 (11): 1533–5.
Хэн Ли. (2011). lh4 / wgsim. GitHub. https://github.com/lh4/wgsim
Ли Х, Дурбин Р.Быстрое и точное согласование короткого чтения с преобразованием Барроуза-Уиллера. Биоинформатика. 2009. 25 (14): 1754–60.
Langmead B, Зальцберг SL. Быстрое согласование с пропуском чтения с Bowtie 2. Натр. Методы. 2012; 9 (4): 357–9.
Guizelini D, Raittz RT, Cruz LM, Souza EM, Steffens MB, Pedrosa FO. GFinisher: новая стратегия для уточнения и завершения сборки бактериального генома. Научный доклад 2016; 6: 34963.
Вик Р. Р., Джадд Л. М., Горри К. Л., Холт К. Э.Unicycler: разрешение сборок бактериального генома из коротких и длинных считываний секвенирования. PLoS Comput Biol. 2017; 13 (6): e1005595.
Гуревич А., Савельев В., Вяххи Н., Теслер Г. QUAST: инструмент оценки качества сборки генома. Биоинформатика. 2013. 29 (8): 1072–5.
Кшивински М., Шейн Дж., Бирол И., Коннорс Дж., Гаскойн Р., Хорсман Д. и др. Circos: эстетика информации для сравнительной геномики. Genome Res. 2009. 19 (9): 1639–45.
Для переписки: Павел Вычик — с[email protected]
BMC Bioinformatics 2020, 21 (Suppl 20): P12
В большинстве аннотаций бактериального генома отсутствует информация о сайтах (операторах) связывания транскрипционного фактора (TF), которые контролируют выражение геномной информации. Мы разрабатываем приложение SigmoID [1], чтобы решить эту проблему с высокой степенью автоматизации. Вкратце, алгоритм обнаружения мотива включает анализ трехмерных кристаллических структур комплексов TF-оператор, обнаружение TF с одинаковыми контактами между операторами и ДНК-связывающими доменами (CR-tag), а затем поиск мотивов ауторегуляторных операторов в промоторных областях, окружающих гены. кодируют эти TF.Успех открытия мотива сильно зависит от разнообразия набора данных промоторной области. Сборка соответствующих наборов данных оказалась сложной задачей из-за больших размеров и быстрого расширения баз данных по белкам. На первом этапе нашего конвейера извлекаются гомологичные ТФ с CR-тегами, идентичными исследуемому. По нашему опыту, этот этап оказался крайне ненадежным при использовании публичных серверов phmmer или blastp. Локальный поиск требует быстрой рабочей станции и ведения больших баз данных, что нежелательно с учетом целевой аудитории (стендовых ученых).Кроме того, для многих ТФ ожидается много тысяч гомологичных белков с соответствующей CR-меткой, в то время как обычно требуется не более 30–50.
Мы заменили этап поиска гомологов проблемных ТФ таблицами быстрого поиска. Таблицы сопоставляют CR-тег с идентификаторами всех белков с этим тегом. Использование репрезентативных протеомных баз данных PIR [2] с различными порогами совместного членства в качестве источника последовательности для построения таблиц поиска в основном решило проблему чрезмерной избыточности. Оптимального количества гомологов часто можно достичь, просто взяв идентификаторы белков из одной из пяти таблиц поиска.Если количество гомологов все еще было избыточным, выполняли дополнительный этап кластеризации промоторных областей. Мы обнаружили, что MeShClust [3] является оптимальным инструментом на данном этапе. Эффективность различных подходов к кластеризации и вариантов поиска была проверена путем определения операторных мотивов для TF Escherichia coli из нескольких семейств белков. Подход двойной кластеризации оказался самым быстрым и в некоторых случаях давал лучшие мотивы, поскольку не приходилось прибегать к случайному выбору субоптимальных промоторных областей, когда их количество было чрезмерным.Мы также заметили много случаев, когда SigmoID производит «хорошие» мотивы операторов, соответствующие экспериментальным данным, когда такой мотив не присутствовал в базе данных RegulonDB [4] или был неверным.
Программное обеспечение SigmoID v2 с поисковыми таблицами CR-тегов для 13 семейств TF доступно для загрузки на Github по адресу https://github.com/nikolaichik/SigmoID.
Список литературы
Николайчик Ю., Даменикан АУ. SigmoID: удобный инструмент для улучшения аннотации бактериального генома посредством анализа сигналов контроля транскрипции.PeerJ. 2016; 4: e2056.
Chen C, Natale DA, Finn RD, Huang H, Zhang J, Wu CH и др. Репрезентативные протеомы: стабильный, масштабируемый и непредвзятый набор протеомов для анализа последовательностей и функциональной аннотации. PloS One. 2011; 6: e18910.
Джеймс БТ, Лучак ББ, Гиргис Х.З. MeShClust: интеллектуальный инструмент для кластеризации последовательностей ДНК. Nucleic Acids Res. 2018; 46: e83 – e83.
Gama-Castro S, Salgado H, Santos-Zavaleta A, Ledezma-Tejeida D, Muñiz-Rascado L, García-Sotelo JS и др.RegulonDB версии 9.0: высокоуровневая интеграция регуляции генов, коэкспрессии, кластеризации мотивов и т. Д. Nucleic Acids Res. 2016; 44: D133–43.
Springer Nature сохраняет нейтралитет в отношении юрисдикционных претензий на опубликованных картах и принадлежностей организаций.
Открытый доступ Эта статья находится под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 International License, которая разрешает использование, совместное использование, адаптацию, распространение и воспроизведение на любом носителе или в любом формате, при условии, что вы укажете соответствующую ссылку на оригинального автора (авторов) и источник, дайте ссылку на лицензию Creative Commons и укажите, были ли внесены изменения.Изображения или другие сторонние материалы в этой статье включены в лицензию Creative Commons для статьи, если иное не указано в кредитной линии для материала. Если материал не включен в лицензию Creative Commons для статьи и ваше предполагаемое использование не разрешено законодательными актами или превышает разрешенное использование, вам необходимо получить разрешение непосредственно от правообладателя. Чтобы просмотреть копию этой лицензии, посетите http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. Отказ от лицензии Creative Commons Public Domain Dedication (http: // creativecommons.